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J-GLOBAL ID：201702229537378986   整理番号：17A0259252

位置機能候補遺伝子HMGA1,C6ORF106とENSSSCG00000023160とと猪肢蹄との関連性【JST・京大機械翻訳】

An Association Study of Positional and Functional Candidate Genes HMGA1, C6orf106 and ENSSSCG00000023160 with Leg Soundness in Pigs

著者 (5件)： Zhang Xufei (Laboratory Animal Center, Wenzhou Medical University) ,  Hou Lijuan (State Key Laboratory for Pig Genetic Improvement and Production Technology, Jiangxi Agricultural University) ,  Qiu Hengqing (State Key Laboratory for Pig Genetic Improvement and Production Technology, Jiangxi Agricultural University) ,  Huang Lusheng (State Key Laboratory for Pig Genetic Improvement and Production Technology, Jiangxi Agricultural University) ,  Guo Yuanmei (State Key Laboratory for Pig Genetic Improvement and Production Technology, Jiangxi Agricultural University)
資料名： Zhongguo Nongye Kexue  (Zhongguo Nongye Kexue)
巻： 49  号： 20  ページ： 4030-4039  発行年： 2016年 
JST資料番号： W1459A  ISSN： 0578-1752  CODEN： CKNYAR  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 【目的】本研究の目的は,内在スコアを評価する方法を確立して,関節スコアと見かけの評価の間の相関係数を計算することであった。また,F_2,ライウー,二,Su太和杜の5つのブタ群において,3つの位置機能候補遺伝子HMGA1,C6ORF106とENSSSCG00000023160とと猪肢蹄との関連性を調べた。【方法】5つの四肢骨関節のスコアを,関節面の亀裂の大きさと深さ,および損傷の重症度によって評価した。関節面の亀裂が非常に大きく、或いは損傷が非常に大きい場合には、選ば1点になる。関節面に亀裂や損傷がないと,5点になる。スコアが高いほど,関節が健康,蹄が結実ことを説明する。また,著者らの前期の全ゲノム関連解析の結果に基づき,ブタ7番染色体の最も強いSNPの2つの異なる0.2MBの領域において,HMGA1,C6ORF106およびENSSSCG00000023160三の位置機能候補遺伝子をスクリーニングした。体内では,遺伝子配列決定により,これら3つの遺伝子の多型遺伝子座を探索し,多型遺伝子座の6つの種間の保存性により,11の多型遺伝子座をスクリーニングした。TAQMANプローブを用いて,3つのHMGA1遺伝子座と3つのC6ORF106遺伝子座の遺伝子型を同定したが,もう一つの遺伝子の5つの多型遺伝子型は遺伝子型によってカバーされた。最終的に,Rソフトウェアパッケージを用いて,最小対立遺伝子頻度(MAF)が0.05以上の多型遺伝子座と蹄遺伝子座の間の関連性を分析した。[結果]C6ORFL06とENSSSCG00000023160遺伝子において,それぞれ174と5つの多型遺伝子座が同定された。関節スコアの間には有意な正の相関があり,絶大部スコアととスコア,蹄スコアと歩行スコアの間には有意な相関はなかったが,上腕二頭筋長さと重量には有意な負の相関があった。雄の肩甲骨関節スコアは母豚のスコアより有意に低かったが,臂骨肩関節とと関節スコアは母豚のそれより有意に高かった。F_2集団では,3つの候補遺伝子は蹄と関連していたが,ENSSSCGの関連度は他の2つの遺伝子よりも高くなく,蹄丈夫の因果遺伝子を排除することができた。そのため,この遺伝子は残りの4つの集団では検出されなかった。二花Lian個体群では,HMGA1のG。C>TとG。A>座位は蹄と関連し,もう一つの座位のMAFは0.05未満であった。他の3つの個体群において,HMGA1の3つの遺伝子座のMAFは0.05未満であった。ライウー個体群では,C6ORF106のGのみが6953T>C座位のMAF>0.05であり,この点は蹄と有意に相関していた。C6ORF106のGは,Su太和杜 成長の成長集団で見つかった。2054T>CとG。6953T>C遺伝子座のMAFは0.05より大きかったが,それらは蹄の形質と有意な相関はなかった。【結論】4つの四肢の関節スコアを用いて,蹄の評価方法を確立し,この方法は,既存の評価方法の重要な補完である。蹄趾,,,歩容スコアは関節スコアと関連がないため,関節スコアを置換することはできない。関連分析の結果,ENSSSCG00000023160は蹄蹄遺伝子であるが,HMGA1とC6ORF106の可能性は排除されていないので,これら2つの遺伝子についてより深い研究が必要である。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 歩容 ,  個体群 ,  プログラムパッケージ ,  *遺伝子 ,  座位 ,  遺伝子頻度 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  相関係数 ,  肩関節 ,  遺伝子型 ,  結実
準シソーラス用語： 遺伝子配列 ,  健康 ,  スコア ,  *候補遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： pig ,  leg soundness ,  joint score ,  association analysis ,  genotype imputation

分類 (1件)： 運動器系の診断  (GG02000M)

タイトルに関連する用語 (4件)： 候補遺伝子 ,  猪 ,  肢蹄 ,  関連性