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J-GLOBAL ID：201702229719910948   整理番号：17A1163916

ミノタウロス・R光沢を用いた多変量結果の解析と可視化ゲノムスキャンからのためのプラットフォーム【Powered by NICT】

minotaur: A platform for the analysis and visualization of multivariate results from genome scans with R Shiny

著者 (6件)： Verity Robert (MRC Centre for Outbreak Analysis and Modelling, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London, St. Mary’s Campus, Norfolk Place, London, W21PG, UK) ,  Collins Caitlin (MRC Centre for Outbreak Analysis and Modelling, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London, St. Mary’s Campus, Norfolk Place, London, W21PG, UK) ,  Card Daren C. (Department of Biology, The University of Texas at Arlington, 501 S. Nedderman Drive, Arlington, TX, 76019, USA) ,  Schaal Sara M. (Department of Marine and Environmental Sciences, Northeastern University, 430 Nahant Road, Nahant, MA, 01908, USA) ,  Wang Liuyang (Department of Molecular Genetics and Microbiology, School of Medicine, Duke University, 213 Research Drive, Durham, NC, 27710, USA) ,  Lotterhos Katie E. (Department of Marine and Environmental Sciences, Northeastern University, 430 Nahant Road, Nahant, MA, 01908, USA)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 17  号： 1  ページ： 33-43  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムスキャンがゲノムデータにおける異常値の同定に広く使用されている:選択の作用によるゲノムの残りの部分と比較して異なるパターンを持つ遺伝子座または進化の他の非適応力。これらのゲノムデータセットはしばしば高次元,変数間の複雑な相関構造を持つ,ロバストな方法で異常値を同定するための挑戦としている。Mahalanobis距離が広く用いられてきたが,データは,単純なパラメトリック分布に従うと仮定することの主要な限界がある。,多変量空間における異常値を同定するために使用できる三つの新しい計量を開発し,データの分布に関する強い仮定を設けることなかった。これらの計量はRパッケージミノタウロス・,高次元データセットにおける異常値を可視化するための対話型Webベースアプリケーションを含むにおいて実行した。これらのメトリックスは,シミュレートされた遺伝的データから異常値を同定し,それらが応用に直面するかもしれない限界のいくつかを議論するためにどのように利用できるかを示した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 異常値 ,  *ゲノム ,  *可視化 ,  遺伝 ,  高次元 ,  Web【情報システム】 ,  ロバスト性
準シソーラス用語： メトリックス ,  対話型 ,  高次元データ ,  Mahalanobis距離 ,  *ゲノムスキャン ,  *多変量 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： ゲノムスキャン ,  カーネル密度 ,  Mahalanobis

分類 (5件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  パターン認識  (JE07000S) ,  分析化学一般  (CC02010H) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (6件)： 光沢 ,  多変量 ,  解析 ,  可視化 ,  ゲノムスキャン ,  プラットフォーム