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J-GLOBAL ID：201702230010719673   整理番号：17A0991716

トップダウンタンデム質量スペクトルを用いた修飾プロテオフォームの同定のための質量グラフベースのアプローチ

A mass graph-based approach for the identification of modified proteoforms using top-down tandem mass spectra

著者 (7件)： KOU Qiang (Dep. BioHealth Informatics, Indiana Univ.-Purdue Univ. Indianapolis, IN, USA) ,  WU Si (Univ. Oklahoma, OK, USA) ,  TOLIC Nikola (Pacific Northwest National Lab., WA, USA) ,  PASA-TOLIC Ljiljana (Pacific Northwest National Lab., WA, USA) ,  LIU Yunlong (Indiana Univ. School of Medicine, IN, USA) ,  LIU Xiaowen (Dep. BioHealth Informatics, Indiana Univ.-Purdue Univ. Indianapolis, IN, USA) ,  LIU Xiaowen (Indiana Univ. School of Medicine, IN, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 9  ページ： 1309-1316  発行年： 2017年05月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 様々な一次構造変化を有するタンパク質産物であるプロテオフォームの同定は,プロテオフォームをその生物学的機能にマッピングしたり,新規のプロテオフォームや新たなタンパク質機能を発見したりするために不可欠であるが,複雑なプロテオフォームを同定するための方法は,未だ十分なものがない。ここでは,プロテオフォームの効果的表現に適した質量グラフと呼ばれる新たなデータ構造を提案し,質量グラフアラインメントアルゴリズムを設計した。そして,この質量グラフに基づき,トップダウン質量分析法を用いてプロテオフォームを同定するためのソフトウェアツールであるTopMGを開発した。TopMGを評価するために三つのトップダウン質量分析データセットを用いた実験は,TopMGが複雑なプロテオフォームを同定する際に既存の方法より効率的で優れていることを示した。

シソーラス用語： *プロテオミクス ,  質量分析 ,  *タンデム質量分析 ,  *一次構造 ,  変化 ,  アラインメント ,  アルゴリズム ,  同定 ,  遺伝子変異 ,  選択的スプライシング ,  翻訳後修飾 ,  末端基 ,  切断 ,  支援プログラム ,  C++言語 ,  大腸菌 ,  ヒストン ,  比率 ,  記憶容量
準シソーラス用語： C末端 ,  N末端 ,  ソフトウェアツール ,  *トップダウン質量分析 ,  *プロテオフォーム ,  メモリ容量 ,  構造変化 ,  正解率 ,  大腸菌K12

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： トップダウン ,  タンデム ,  質量スペクトル ,  修飾 ,  同定 ,  質量 ,  グラフ