PrimerMiner:開発とDNA metabarcodingプライマーのin silico検証のためのRパッケージ【Powered by NICT】

Elbrecht Vasco; Leese Florian; Leese Florian

文献

J-GLOBAL ID：201702230185146462 整理番号：17A1164424

PrimerMiner:開発とDNA metabarcodingプライマーのin silico検証のためのRパッケージ【Powered by NICT】

PrimerMiner: an r package for development and in silico validation of DNA metabarcoding primers

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資料名：
巻： 8 号： 5 ページ： 622-626 発行年： 2017年
JST資料番号： W2682A ISSN： 2041-210X 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

DNA metabarcodingは標準化された遺伝子マーカー領域増幅と配列決定による生物多様性を評価する強力なツールである。その成功はしばしば増幅バイアスを導入する可変結合部位により制限されている。このように,特定の地理的地域および/または生態系における研究コミュニティまたは分類群に対する最適化プライマーの開発は非常に重要である。しかし,プライマー設計のための骨格として機能可能であることをバルクの参照配列データの取得と処理のためのツールは現在利用可能である。RパッケージPrimerMiner,BOLDとNCBIデータからバッチダウンロードDNAバーコード遺伝子配列は,指定された標的分類群のためのデータベースと,種当たりの利用可能な配列の異なる数によって導入されたバイアスを低減するための操作的分類単位(OTU)に配列クラスタリングを適用を開発した。PrimerMinerはin silico,この目的のための他の利用可能なソフトウェアで採用された戦略よりもより現実的な著者らの意見によれば,ecoPCRプライマーを評価するための機能提供する。は十五の重要な淡水無脊椎動物群のためのチトクロームcオキシダーゼサブユニットI(COI)配列,生態系評価のための関連をダウンロードするPrimerMinerを使用した。両データベースからCOIマーカーを処理することで,我々は,平均して参照データ,249倍の量を増加させ,完全なミトコンドリアゲノムを用いた単独と比較してできた。さらに,生成されたOTU配列アラインメントを可視化し,PrimerMinerを用いたin silicoプライマーを評価する方法について述べる。PrimerMinerを用いて,標的プライマーの開発と評価に関連する配列データを得るための有用なツールを提供する。PrimerMinerで生成したOTUベース参照アラインメントは,手動プライマー設計のための使用またはプライマー開発のための生物情報学的ツールを処理することができる。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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生態系 , 自然保護

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