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J-GLOBAL ID：201702230204305841   整理番号：17A1099387

大ヒトiPSC図書館における転写変動の解析は不均一性の遺伝的および非遺伝的決定因子【Powered by NICT】

Analysis of Transcriptional Variability in a Large Human iPSC Library Reveals Genetic and Non-genetic Determinants of Heterogeneity

著者 (26件)： Carcamo-Orive Ivan (Department of Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA) ,  Hoffman Gabriel E. (Department of Genetics and Genomic Sciences, Institute of Genomics and Multiscale Biology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Cundiff Paige (Department of Developmental and Regenerative Biology, Black Family Stem Cell Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Beckmann Noam D. (Department of Genetics and Genomic Sciences, Institute of Genomics and Multiscale Biology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  D’Souza Sunita L. (Department of Developmental and Regenerative Biology, Experimental Therapeutics Institute, Black Family Stem Cell Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Knowles Joshua W. (Department of Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA) ,  Patel Achchhe (Department of Developmental and Regenerative Biology, Black Family Stem Cell Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Papatsenko Dimitri (Department of Developmental and Regenerative Biology, Black Family Stem Cell Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Papatsenko Dimitri (Skolkovo Institute of Science and Technology, Nobel Street, Building 3, Moscow 143026, Russia) ,  Abbasi Fahim (Department of Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA) ,  Reaven Gerald M. (Department of Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA) ,  Whalen Sean (Gladstone Institutes, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94148, USA) ,  Lee Philip (Department of Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA) ,  Shahbazi Mohammad (Department of Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA) ,  Henrion Marc Y.R. (Department of Genetics and Genomic Sciences, Institute of Genomics and Multiscale Biology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Zhu Kuixi (Department of Genetics and Genomic Sciences, Institute of Genomics and Multiscale Biology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Wang Sven (Department of Genetics and Genomic Sciences, Institute of Genomics and Multiscale Biology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Roussos Panos (Department of Genetics and Genomic Sciences, Institute of Genomics and Multiscale Biology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Roussos Panos (Department of Psychiatry, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Roussos Panos (Mental Illness Research, Education, and Clinical Center (VISN 3), James J. Peters VA Medical Center, Bronx, NY 10468, USA) ,  Schadt Eric E. (Department of Genetics and Genomic Sciences, Institute of Genomics and Multiscale Biology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Pandey Gaurav (Department of Genetics and Genomic Sciences, Institute of Genomics and Multiscale Biology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Chang Rui (Department of Genetics and Genomic Sciences, Institute of Genomics and Multiscale Biology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Quertermous Thomas (Department of Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA) ,  Lemischka Ihor (Department of Developmental and Regenerative Biology, Black Family Stem Cell Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA) ,  Lemischka Ihor (Department of Pharmacology and Systems Therapeutics, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA)
資料名： Cell Stem Cell  (Cell Stem Cell)
巻： 20  号： 4  ページ： 518-532.e9  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3106A  ISSN： 1934-5909  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 人工多能性幹細胞(iPSC)線の変動は,疾患モデリングおよび再生医療のための懸念のままである。101個体から317種のヒトiPSC系統における遺伝子発現変動の原因を調べるためにRNA配列分析と線形混合モデルを使用した。ゲノムワイド発現変動の~50%は個人間の変動によって説明される,この変化に寄与する発現量的形質遺伝子座のセットを同定したことを見出した。これら分析対立遺伝子特異的発現と組み合わせてiPSCはドナー特異的遺伝子発現パターンを保持していることを示した。ネットワーク,経路,および重要な運転者分析はポリコーム標的は,個人間で見られる非遺伝的変動性に大きく寄与する,再プログラミングベース変動の可能性のある供給源としてこのクロマチン調節因子を強調したことを示した。著者らの発見は,iPSC系統間の変動を明らかにし,iPSC応用に関連した基本となるドライバを同定するために著者らのデータ集合と他の類似の大規模分析のための可能性を示した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ネットワーク ,  遺伝子発現 ,  *ヒト ,  iPS細胞 ,  RNA【核酸】 ,  *不均一性 ,  ドナー ,  モデリング ,  クロマチン ,  *遺伝 ,  再生医療
準シソーラス用語： リプログラミング ,  遺伝子発現パターン ,  発現量的形質遺伝子座 ,  配列解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： iPSCライブラリ ,  転写変動 ,  重要なドライバー ,  分化変動 ,  ポリコーム標的 ,  eQTL ,  対立遺伝子不均衡 ,  ネットワーク解析 ,  分散分配

分類 (2件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (8件)： ヒト ,  IPSC ,  図書館 ,  転写 ,  解析 ,  不均一性 ,  遺伝 ,  決定因子