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J-GLOBAL ID：201702230338382925   整理番号：17A0412237

シロイヌナズナDicer様4蛋白質の触媒コアのモデル化と二本鎖RNAとの複合体【Powered by NICT】

Modeling of the catalytic core of Arabidopsis thaliana Dicer-like 4 protein and its complex with double-stranded RNA

著者 (20件)： Mickiewicz Agnieszka (Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Noskowskiego 12/14, 61-704 Poznan, Poland) ,  Mickiewicz Agnieszka (European Centre for Bioinformatics and Genomics, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland) ,  Sarzynska Joanna (Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Noskowskiego 12/14, 61-704 Poznan, Poland) ,  Sarzynska Joanna (European Centre for Bioinformatics and Genomics, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland) ,  Milostan Maciej (Institute of Computing Science, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland) ,  Milostan Maciej (European Centre for Bioinformatics and Genomics, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland) ,  Kurzynska-Kokorniak Anna (Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Noskowskiego 12/14, 61-704 Poznan, Poland) ,  Rybarczyk Agnieszka (Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Noskowskiego 12/14, 61-704 Poznan, Poland) ,  Rybarczyk Agnieszka (Institute of Computing Science, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland) ,  Rybarczyk Agnieszka (European Centre for Bioinformatics and Genomics, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland) ,  Lukasiak Piotr (Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Noskowskiego 12/14, 61-704 Poznan, Poland) ,  Lukasiak Piotr (Institute of Computing Science, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland) ,  Lukasiak Piotr (European Centre for Bioinformatics and Genomics, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland) ,  Kulinski Tadeusz (Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Noskowskiego 12/14, 61-704 Poznan, Poland) ,  Figlerowicz Marek (Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Noskowskiego 12/14, 61-704 Poznan, Poland) ,  Figlerowicz Marek (Institute of Computing Science, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland) ,  Figlerowicz Marek (European Centre for Bioinformatics and Genomics, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland) ,  Blazewicz Jacek (Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Noskowskiego 12/14, 61-704 Poznan, Poland) ,  Blazewicz Jacek (Institute of Computing Science, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland) ,  Blazewicz Jacek (European Centre for Bioinformatics and Genomics, Poznan University of Technology, Piotrowo 2, 60-965 Poznan, Poland)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 66  ページ： 44-56  発行年： 2017年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 植物Dicer様蛋白質(DCL)はRNアーゼIII(RNase III)酵素ファミリーに属している。はRNA干渉経路を介して遺伝子発現と抗ウイルス防御の調節に関与している。モデル植物,Arabidopsis thalianaは小調節RNAの異なるクラスを産生する四DCL蛋白質(AtDCL1 4)をコードする。著者らの研究は,二本鎖RNA(dsRNA)を処理する21ヌクレオチドトランス作用小干渉RNAにAtDCL4に焦点を当てた。今までのところ,ほとんどが植物DCLの構造,dsRNAを形成した錯体知られていない。本研究では,計算方法によって構築されたAtDCL4とAtDCL4dsRNA複合体の触媒コアのモデルを提示した。プラットフォーム,PAZ,コネクタヘリックスと二RNアーゼIIIドメインから成るAtDCL4の触媒コアの相同性モデルを構築した。AtDCL4dsRNA複合体を組み立てるために二つのモデリング法を用いた。最初の方法では,複合体の一貫性のあるモデルを構築可能にする立体配座を確立するために,著者らはdsRNAとAtDCL4両方の正常モード解析を使用した。第二の戦略はPAZドメインの位置づけとコネクタヘリックスの手動配列のためのテンプレートベースアプローチを含んでいた。著者らの結果は,RNアーゼIIIドメインに比べてコネクタヘリックス,プラットフォームとPAZの空間配向は定義された長さのdsRNAを測定するための重要であることを示唆した。モデル化された錯体はこれらのドメインの相対的配向とdsRNA結合に寄与する可能性がある相互作用に関する情報を提供する。全てこれらの情報はAtDCL4仲介dsRNA認識と結合のメカニズムを理解するために役立ち,特定のサイズの小RNAを産生することができた。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 立体配座 ,  *二本鎖RNA ,  RNA干渉 ,  *タンパク質 ,  基準モード ,  *複合体 ,  siRNA ,  *RNA【核酸】 ,  RNアーゼ ,  相同性 ,  *モデリング ,  *Arabidopsis thaliana
準シソーラス用語： 低分子RNA ,  リボヌクレアーゼIII ,  干渉RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： RNAi ,  siRNA ,  siRNA生合成 ,  Dicer様蛋白質 ,  ホモロジーモデリング ,  PAZ ,  RNアーゼIII

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： シロイヌナズナ ,  DICER ,  蛋白質 ,  触媒 ,  コア ,  モデル化 ,  二本鎖RNA ,  複合体