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J-GLOBAL ID：201702230697525931   整理番号：17A1622271

遺伝子クラスタリングを改善するための多目的最適化を用いた発現値と蛋白質相互作用情報の融合【Powered by NICT】

Fusion of expression values and protein interaction information using multi-objective optimization for improving gene clustering

著者 (2件)： Dutta Pratik (Department of Computer Science and Engineering, Indian Institute of Technology Patna, Bihar, India) ,  Saha Sriparna (Department of Computer Science and Engineering, Indian Institute of Technology Patna, Bihar, India)
資料名： Computers in Biology and Medicine  (Computers in Biology and Medicine)
巻： 89  ページ： 31-43  発行年： 2017年 
JST資料番号： E0858A  ISSN： 0010-4825  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 機能ゲノミクスの分野における重要な問題の一つは,特定の細胞機構に関与する遺伝子のセットを同定することである。本研究では,それらの機能的類似性と生物学的関連性に関して群に遺伝子を分類するための多目的最適化に基づく遺伝的クラスタリング法の使用を検討した。著者らの貢献は二つある:第一に遺伝子クラスタ,すなわち蛋白質-蛋白質相互作用の信頼スコアの良さを計算するための新しい品質測度を開発した。これはそれらの生化学的蛋白質産物に関して特別なクラスターの遺伝子間の類似性を測定するための蛋白質-蛋白質相互作用ネットワークの信頼度を利用した。第二に,多目的に基づくクラスタリング手法は,統計的および生物学的に関連した両遺伝子を選択するマイクロアレイデータセットと蛋白質-蛋白質相互作用の信頼度の発現値の統合情報を用いる知的開発した。非常に目的のために,すなわちファジィ分配係数とPakhira Bandyopadhyay Maulik指数,いくつかの生物学的クラスタ妥当性指標,すなわち生物学的均一性指数及び蛋白質-蛋白質相互作用の信頼スコア,二従来の内部クラスタ有効性指数を同時にクラスタリング過程で最適化した。三現実の遺伝子発現データセット上での実験結果により,蛋白質-蛋白質相互作用情報を得る新しい目的の添加は既存の技術と比較して遺伝子をクラスタリングすることに役立つことを示した。観察は,さらなる生物学的と統計的有意性試験によって支持された。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  測度 ,  *クラスタ ,  *遺伝 ,  ネットワーク ,  *クラスタ化 ,  品質 ,  *最適化 ,  類似性 ,  信頼度 ,  *タンパク質
準シソーラス用語： スコア ,  *遺伝子クラスタ ,  *蛋白質間相互作用 ,  *多目的最適化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 蛋白質-蛋白質相互作用(PPI) ,  クラスタリング ,  多目的最適化(MOO) ,  遺伝的アルゴリズム(GA) ,  クラスタ妥当性指数 ,  生物学的関連

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 遺伝子クラスタ ,  多目的最適化 ,  発現 ,  蛋白質相互作用 ,  融合