比較再建により構築したTrichoderma reeseiの全ゲノム代謝モデル

CASTILLO Sandra; BARTH Dorothee; ARVAS Mikko; PAKULA Tiina M.; PITKAENEN Esa; BLOMBERG Peter; SEPPANEN-LAAKSO Tuulikki; NYGREN Heli; SIVASIDDARTHAN Dhinakaran; PENTTILAE Merja; OJA Merja

文献

J-GLOBAL ID：201702231330419097 整理番号：17A0002643

比較再建により構築したTrichoderma reeseiの全ゲノム代謝モデル

Whole-genome metabolic model of Trichoderma reesei built by comparative reconstruction

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資料名：
巻： 9 号： Nov ページ： 9:252 (WEB ONLY) 発行年： 2016年11月
JST資料番号： U7022A ISSN： 1754-6834 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

背景:バイオテクノロジー産業のバイオマス加水分解酵素の主要な供給源であるTrichoderma reeseiの酵素の生産効率の改善が求められている。本種の酵素生産能の改善には,代謝のシミュレーションと予測を行うことができる代謝モデルが有用なツールとなる。代謝モデル解析を行うためには,正確な代謝モデルが必要である。結果:55の近縁種の代謝モデルと共に代謝モデル再構成アルゴリズムCoReCoを用いて,T.reeseiの全ゲノム代謝モデルを再構築した。より高品質のモデルを得るため,以前に公開されたCoReCo解析法の改良を行った。主な改良点は,反応と化合物を統合したデータベースを新たに作成したこと,および,アルゴリズムのギャップ充填ステップの制約条件として反応方向を用いたことである。さらに,モデルに特異的なバイオマス算定式を構築し,組み込むため,T.reeseiのバイオマス成分組成を試験的に測定した。結論:代謝モデル再構築のために,本研究で示したCoReCoパイプラインに関する改良を行ったことにより,旧バージョンよりも高品質な代謝モデルを得ることができた。T.reeseiの代謝モデルを作成し,BIOMODELSデータベースで公開した。モデルにはシミュレーションに必要なバイオマス算定式,反応境界,および吸収/排出反応が含まれている。本モデルを検証するため,本モデルが正確にバイオマス生産を予測でき,化学量論的に実現不可能な収量が検出されないことを実証した。蛋白質生産工程のシミュレーションに,この新しいT.reeseiモデルを用いることができる。(翻訳著者抄録)

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微生物酵素の生産 , 代謝と栄養 , 遺伝子の構造と化学

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