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J-GLOBAL ID：201702231876138724   整理番号：17A1489922

pmoA遺伝子のハイスループット配列決定により決定した変化する土地利用慣行の下での2種類の土壌におけるメタン資化性細菌の多様性【Powered by NICT】

Methanotrophic bacterial diversity in two diverse soils under varying land-use practices as determined by high-throughput sequencing of the pmoA gene

著者 (2件)： Sengupta Aditi (School of Environment and Natural Resources, The Ohio State University, 1680 Madison Avenue, Wooster, OH 44691-4096, United States) ,  Dick Warren A. (School of Environment and Natural Resources, The Ohio State University, 1680 Madison Avenue, Wooster, OH 44691-4096, United States)
資料名： Applied Soil Ecology  (Applied Soil Ecology)
巻： 119  ページ： 35-45  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0756A  ISSN： 0929-1393  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 土壌中のメタン資化性細菌は大気メタンの唯一知られている生物学的シンクとして機能し,土壌からの正味メタン放出に影響を与える。メタン資化性菌の大部分は粒子状メタンモノオキシゲナーゼ酵素,pmoA遺伝子によりコードされる,を用いてメタンを酸化した。,pmoA遺伝子のIllumina配列決定(iTAG)は異なる土地利用の下にある土壌中のメタン資化性細菌の多様性を調べるために行った。さらに,pmoAアンプリコン配列豊度に及ぼす土壌型の影響を解析した。オハイオ州の二地点,長期不耕起プロット,プラウ耕うんプロット,草地,および森林の各構成を採取した。耕うんプロットも連作トウモロコシおよびトウモロコシ-ダイズ輪作を含んでいた。pmoA遺伝子のキュレートされたデータベースを参照することにより,試料中の相対的存在量を変化させたメタン資化性菌の八属を同定することができた。さらに,四属は試料(アルファ=0.005)全体で特異的に豊富でありMethylocystis,Methylocococcus,Methylosoma,USCaを含んでいた。加工配列の約30%は分類されていない。重みなしUniFracとBray-Curtis計量の非計量多次元スケーリング(NMDS)は部位に基づく明確なコミュニティ識別を示した。土壌タイプがその群種(非)類似性に最も有意な影響を及ぼした(p<0.005),土地利用に関して明確な多様性パターンの欠如にもかかわらず。農地からの試料の群集組成はお互いに近いクラスターと思われた森林地域と草地域と比較してが,公称変数モデリングはメチロトローフ群集構造の最強のドライバーとしての土壌型(採取部位に特異的な)を示した。本研究は,微生物群集動態を理解するための機能的遺伝子のハイスループットペアエンドiTAG配列決定を用いた最初のものである。著者らの知見は,高度配列決定プラットフォーム上での機能的遺伝子配列決定はユニークな機能的ギルドに属する微生物の群集動態を推定するために使用できることを示した。本研究はまた,ソフトウェアを解析し電流iTAG配列と互換性のある機能遺伝子の参照データベースを開発する必要性を強調した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *土地利用 ,  モデリング ,  データベース ,  *遺伝子 ,  農地 ,  メチロトローフ ,  ダイズ ,  土壌型 ,  *資化 ,  コミュニティ ,  耕うん ,  *細菌 ,  草原 ,  アルカン
準シソーラス用語： *pmoA遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： メタン資化性菌 ,  耕うん ,  輪作 ,  メタン ,  ハイスループット配列決定 ,  pmoA

分類 (1件)： 土壌生物  (FB04050N)

物質索引 (1件)： メタン

タイトルに関連する用語 (8件)： pmoA遺伝子 ,  ハイスループット ,  土地利用 ,  土壌 ,  メタン ,  資化 ,  細菌 ,  多様性