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J-GLOBAL ID：201702232166599785   整理番号：17A0377142

は失われたか:失われたヒト蛋白質のバイオインフォマティクス特性化【Powered by NICT】

Why are they missing? : Bioinformatics characterization of missing human proteins

著者 (14件)： Elguoshy Amr (Biofluid Biomarker Center, Institute of Social innovation and Co-operation, Niigata University, Niigata 951-2181, Japan) ,  Elguoshy Amr (Biotechnology Department, Faculty of Agriculture, Al-Azhar University, Cairo 11682, Egypt) ,  Magdeldin Sameh (Biofluid Biomarker Center, Institute of Social innovation and Co-operation, Niigata University, Niigata 951-2181, Japan) ,  Magdeldin Sameh (Department of Physiology, Faculty of Veterinary Medicine, Suez Canal University, Ismailia 41522, Egypt) ,  Xu Bo (Biofluid Biomarker Center, Institute of Social innovation and Co-operation, Niigata University, Niigata 951-2181, Japan) ,  Hirao Yoshitoshi (Biofluid Biomarker Center, Institute of Social innovation and Co-operation, Niigata University, Niigata 951-2181, Japan) ,  Zhang Ying (Biofluid Biomarker Center, Institute of Social innovation and Co-operation, Niigata University, Niigata 951-2181, Japan) ,  Kinoshita Naohiko (Biofluid Biomarker Center, Institute of Social innovation and Co-operation, Niigata University, Niigata 951-2181, Japan) ,  Takisawa Yusuke (Biofluid Biomarker Center, Institute of Social innovation and Co-operation, Niigata University, Niigata 951-2181, Japan) ,  Nameta Masaaki (Biofluid Biomarker Center, Institute of Social innovation and Co-operation, Niigata University, Niigata 951-2181, Japan) ,  Yamamoto Keiko (Biofluid Biomarker Center, Institute of Social innovation and Co-operation, Niigata University, Niigata 951-2181, Japan) ,  El-Refy Ali (Biotechnology Department, Faculty of Agriculture, Al-Azhar University, Cairo 11682, Egypt) ,  El-Fiky Fawzy (Biotechnology Department, Faculty of Agriculture, Al-Azhar University, Cairo 11682, Egypt) ,  Yamamoto Tadashi (Biofluid Biomarker Center, Institute of Social innovation and Co-operation, Niigata University, Niigata 951-2181, Japan)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 149  ページ： 7-14  発行年： 2016年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： NeXtProtはヒト蛋白質に関する研究を支援するWebを基とする蛋白質知識プラットフォームである。NeXtProt(放出2015 04 28)は20,060--蛋白質を列挙し,そのうち3373基準蛋白質(16.8%)は蛋白質レベル(PE2:PE5)で信頼できる実験的証拠を欠いている。,「失われた蛋白質」と考えられている。包括的バイオインフォマティクスワークフローはこれらの「失われた」蛋白質を分析するために提案した。本研究の目的は,物理化学的性質,トリプシン切断部位の存在と分布を解析し,未知蛋白質のシグネチャーペプチドを特定した。著者らの知見は,失われた蛋白質の23.7%は膜貫通ドメイン(TMD)を有する疎水性蛋白質であることを示した。,四十種の欠測エントリトリプシンペプチドを生成した質量検出範囲(>30aa)または異なる蛋白質(<9aa)にマップされた。さらに,欠落エントリの21%はユニークなトリプシンペプチドを生成しなかった。in silicoエンドペプチダーゼ組合せ戦略は,欠落した蛋白質同定の可能性を増加させた。コヒーレント,成熟蛋白質データベースと信号ペプチドームデータベースの両者を用いた信号ペプチドームデータベースから成熟蛋白質データベースとまたはC末端トリプシンペプチドからのユニークなN末端トリプシンペプチドを標的とすることによりいくつかの未知蛋白質を同定するための有望な選択肢であるだろう。結論として,欠損蛋白質の同定は同定の発生率を増加させるための試料調製,抽出,消化とデータ解析中の付加的な考慮が必要である。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *タンパク質 ,  試料調製 ,  疎水性 ,  *キャラクタリゼーション ,  データ解析 ,  トリプシン ,  *ヒト ,  Web【情報システム】
準シソーラス用語： ペプチドーム ,  C末端 ,  蛋白質データベース ,  エンドペプチダーゼ ,  in silico ,  物理化学的性質 ,  *バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 失われた蛋白質 ,  膜貫通ドメイン ,  バイオインフォマティクス ,  信号ペプチドーム

分類 (2件)： 生物学的機能  (EB03040U) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (4件)： ヒト ,  蛋白質 ,  バイオインフォマティクス ,  特性化