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J-GLOBAL ID：201702232385044236   整理番号：17A1497101

MaMiCoスーパコンピュータの過渡マルチインスタンス分子連続体流のシミュレーション【Powered by NICT】

MaMiCo: Transient multi-instance molecular-continuum flow simulation on supercomputers

著者 (4件)： Neumann Philipp (Department of Informatics, Technical University of Munich, Boltzmannstr. 3, 85748 Garching, Germany) ,  Neumann Philipp (Department of Informatics, University of Hamburg, Bundesstr. 45a, 20146 Hamburg, Germany) ,  Bian Xin (Division of Applied Mathematics, Brown University, 182 George Street, 02912, Providence, RI, USA) ,  Bian Xin (Department of Mechanical Engineering, Technical University of Munich, Boltzmannstr. 15, 85748 Garching, Germany)
資料名： Computer Physics Communications  (Computer Physics Communications)
巻： 220  ページ： 390-402  発行年： 2017年 
JST資料番号： E0081C  ISSN： 0010-4655  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マクロマイクロ結合ツールMaMiCoの拡張,離散粒子動力学と連続流体動力学ソルバーを結合するために設計されたを示した。特に比較的短い時間スケール上の滑らかな流れ場量の局所的抽出を可能にするために,分子動力学シミュレーションのアンサンブルオーバサンプリングを紹介した。過渡結合アルゴリズム,開いた境界強制,およびマルチインスタンスサンプリングを含むこれらの拡張の詳細を提供した。さらに,種々の粒子シミュレーションソフトウェアパッケージと粒子モデルを用いたCouette流における結合,すなわち分子動力学と散逸粒子動力学を検証した。最後に,KAUSTに位置するスーパーコンピュータShaheen IIの最大65536計算コアを用いて分子連続体シミュレーションの並列スケーラビリティを実証した。プログラムタイトル:MaMiCoプログラムファイルdoi:http://dx.doi.org/10.17632/w7rgdrhb85.1認可条項:BSD3節プログラミング言語C,C++外部ルーチン/図書館コンパイルのためのSCons,MPI(任意)を用いてサブプログラム:ESPResSo,LAMMPS,ls1mardyn,waLBerla MaMiCo界面の設置手順では,結合/界面/implに位置する各コードディレクトリにおけるREADMEファイルを参照されたい。ジャーナル基準以前のバージョン:P.Neumann,H.Flohr,R.Arora,P.Jarmatz,N.Tchipev,H.J。Bungartz。MaMiCo並列分子連続体流シミュレーションのためのソフトウエア設計,計算機物理通信200324 335,2016は新バージョンは旧バージョンに取って代わる:イエス。以前のバージョンの機能性を,新しいバージョンで完全に保持された。問題:多重解像度流体力学のための結合分子連続体シミュレーション:ドメインの一部の性質を分子動力学または他の粒子ベースソルバにより分解される大部分はメッシュベースCFDソルバ,例えば格子Boltzmannオートマトンで覆われている。解法:MaMiCo(マクロ-ミクロ結合ツール)による既存のMDとCFDソルバを結合させた。データ交換と結合アルゴリズムはMaMiCoにおける要約し,組み込んだ。アルゴリズムはMaMiCoに設置すると,それを用いて拡張することができ,他のソルバを用いた(それぞれ界面が実装されている/利用可能ならすぐ)。新バージョンの理由:過渡分子連続体システムをシミュレートし,同時に(例えば,計算クラスタ)で実行できる複数のMDラン上のデータを自動的に新しいアルゴリズムを導入した。MaMiCoは更に開放分子動力学境界を説明するために境界強制を組み込むために界面によって拡張した。種々のMDとCFDフレームワークとの結合のための支持体の他に,新しいバージョンを分子連続体Couette流シミュレーションはのボックス走らせることができることをテストケースを含んでいる。外部ツールまたはシミュレーションコードはもはや必要である。しかし,ユーザが含まれているMDシミュレーションパッケージからLAMMPSへの転換を含まなかった。過渡Couette問題を実行するかについて詳細には,フォルダカップリング/試験におけるファイルREADMEを見る,MaMiCo V1上Remark。改訂の要約:開放境界強制マルチインスタンスMDサンプリング過渡分子連続体システムのための支持制限:現在,単一施設システムは支持した。DPD境界強制のLAMMPSベース実装へのアクセスのために,X in Bian,[e-mail]は接触する。追加発言:どうぞファイルlicense_mamicoが見られた。このソフトウェアの分布と広告に関する更なる詳細をtxt。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 流体力学 ,  クラスタ ,  ソフトウェア設計 ,  *シミュレーション ,  アルゴリズム ,  Couette流 ,  プログラムパッケージ ,  *スーパコンピュータ ,  界面 ,  分子動力学 ,  流れ場 ,  *連続体 ,  計算機シミュレーション
準シソーラス用語： 散逸粒子動力学 ,  分子動力学シミュレーション ,  ソルバ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 結合 ,  ソフトウェア設計 ,  分子動力学 ,  分子連続体 ,  並列 ,  流体力学 ,  過渡 ,  サンプリング

分類 (4件)： 流体動力学一般  (BC02010G) ,  物理化学一般その他  (CB01030T) ,  高分子固体の構造と形態学  (CG02022M) ,  統計力学一般,多体問題  (BA08010Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： スーパコンピュータ ,  マルチ ,  インスタンス ,  分子 ,  連続体 ,  シミュレーション