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J-GLOBAL ID：201702232467093671   整理番号：17A0412756

同位体エンベロープフィンガープリント法を用いたトップダウン蛋白質同定【Powered by NICT】

Top-down protein identification using isotopic envelope fingerprinting

著者 (6件)： Xiao Kaijie (School of Chemical Science and Engineering, Tongji University, Shanghai, China) ,  Xiao Kaijie (Shanghai Key Laboratory of Chemical Assessment and Sustainability, Tongji University, Shanghai, China) ,  Yu Fan (School of Chemical Science and Engineering, Tongji University, Shanghai, China) ,  Yu Fan (Shanghai Key Laboratory of Chemical Assessment and Sustainability, Tongji University, Shanghai, China) ,  Tian Zhixin (School of Chemical Science and Engineering, Tongji University, Shanghai, China) ,  Tian Zhixin (Shanghai Key Laboratory of Chemical Assessment and Sustainability, Tongji University, Shanghai, China)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 152  ページ： 41-47  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： タンデム質量スペクトルからのトップダウン蛋白質データベース探索と同定のために,同位体エンベロープフィンガープリント探索アルゴリズムとProteinGoggle検索エンジンは効率的に濃密に重なったデータを同様に理想的な同位体エンベロープを持つ理想的なものと非理想的同位体エンベロープを持つ非理想的データを分離するそれらの強度を実証した。ここでは,全容量による無傷蛋白質データベース探索のための著者らの最新ProteinGoggle2.0を報告した。不可欠更新はデータベース作成,包括的解離法とイオン系列中の動的翻訳後修飾と静的化学標識のユーザの任意の定義,各proteoformのプロテオフォームスコアを含んでいる。ProteinGoggleは以前に無傷蛋白質または完全なプロテオームの衝突に基づいた解離(CID, HCD)と電子支配解離(ETD)データの両方を用いてベンチマークした。ここでは,無傷の大腸菌リボソーム蛋白質の公的に入手可能な光子ベース解離(UVPD)データ(http://hdl.handle.net/2022/17316)ProteinGoggleの新バージョンの我々のさらなるベンチマーキングを報告した。分子レベルで蛋白質種(別名proteoforms)機能,多様な構造と生物学的役割ごとproteoformのはしばしば共存する蛋白質分解,アミノ酸変異と翻訳後修飾に由来している。proteoformsのこの組合せ情報の完全かつハイスループット捕獲は進化するトップダウンプロテオミクスにおける可能になったが,トップダウンパイプラインにおける,特にデータベース検索とバイオインフォマティクス同定ツール,様々な方法や技術はまだその乳児期段階と需要集中的な研究と開発。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 検索エンジン ,  *フィンガープリント法 ,  ベンチマーク ,  質量スペクトル ,  データベース ,  *タンパク質 ,  翻訳後修飾 ,  *同位体 ,  タンパク質分解 ,  プロテオーム
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  データベース検索 ,  ハイスループット ,  蛋白質データベース ,  *トップダウン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： 蛋白質の同定 ,  無傷蛋白質 ,  無傷プロテオーム ,  トップダウン ,  同位体エンベロープフィンガープリント法 ,  蛋白質データベース検索 ,  翻訳後修飾 ,  蛋白質種 ,  プロテオフォーム ,  UVPD

分類 (2件)： 生物学的機能  (EB03040U) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (5件)： 同位体 ,  エンベロープ ,  フィンガープリント法 ,  トップダウン ,  蛋白質同定