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J-GLOBAL ID：201702232533413896   整理番号：17A1113285

mzML2ISA & nmrML2ISA:メタボロミクスXMLデータから濃縮ISA-Tabメタデータファイルを生成する

mzML2ISA & nmrML2ISA: generating enriched ISA-Tab metadata files from metabolomics XML data

著者 (12件)： LARRALDE Martin (Ecole Normale Superieure de Cachan, Cachan, FRA) ,  LAWSON Thomas N. (Univ. Birmingham, Birmingham, GBR) ,  WEBER Ralf J. M. (Univ. Birmingham, Birmingham, GBR) ,  WEBER Ralf J. M. (Wellcome Trust Genome Campus, Cambridge, GBR) ,  MORENO Pablo (Univ. Oxford e-Res. Centre, Oxford, GBR) ,  HAUG Kenneth (Univ. Oxford e-Res. Centre, Oxford, GBR) ,  ROCCA-SERRA Philippe (Univ. Birmingham, Birmingham, GBR) ,  VIANT Mark R. (Univ. Birmingham, Birmingham, GBR) ,  VIANT Mark R. (Wellcome Trust Genome Campus, Cambridge, GBR) ,  STEINBECK Christoph (Univ. Oxford e-Res. Centre, Oxford, GBR) ,  STEINBECK Christoph (Friedrich-Schiller-Univ., Jena, DEU) ,  SALEK Reza M. (Univ. Oxford e-Res. Centre, Oxford, GBR)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 16  ページ： 2598-2600  発行年： 2017年08月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： メタボロミクスデータのMetaboLightsリポジトリへの提出の際には,器具および取得パラメータをISA-Tabフォーマットで報告する必要がある。著者らは,メタボロミクスの生のXMLデータファイルからISA-Tabメタデータファイル・スタブを自動的に生成できるパイソンパッケージセットを提示した。mzML2ISA & nmrML2ISAは,https://github.com/ISA-toolsで利用可能である。

シソーラス用語： 解析 ,  データ ,  メタデータ ,  生産 ,  オブジェクト指向言語 ,  ソフトウェア ,  モジュール ,  ダミー ,  *形式 ,  リポジトリ ,  パラメータ
準シソーラス用語： *ISA-Tab ,  mzML2ISA & nmrML2ISA ,  Python ,  *XMLデータ ,  スタブ【計算機】 ,  *メタボロミクス ,  自動生成

分類 (2件)： 計算機利用技術一般  (JE01000C) ,  代謝一般  (EB02030C)

タイトルに関連する用語 (6件)： メタボロミクス ,  XMLデータ ,  濃縮 ,  TAB ,  メタデータ ,  ファイル