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J-GLOBAL ID：201702234030365915   整理番号：17A0483929

画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備 第2章 高次解析システムの整備 1 超高速シーケンサーに対応したゲノム断片の整列化機能(2)プログラム結合動作

著者 (3件)： 伊藤剛 (農業生物資源研) ,  沼寿隆 (農業生物資源研) ,  田中剛 (農業生物資源研)
資料名： 農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果  (農林水産技術会議事務局研究成果)
号： 570  ページ： 14-15  発行年： 2017年03月31日 
JST資料番号： S0070A  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： 単体試験の結果を受け,NGSデータの解析パイプラインとして動作する仕組みを構築した。マッピングによるゲノム間の差異の抽出,アセンブルによるゲノム作成等を行えるものである。また,これを実データに適用して成果を上げることができた。(著者抄録)

シソーラス用語： 農作物 ,  *畜産物 ,  遺伝情報 ,  *データベース ,  計画 ,  パイプライン ,  写像 ,  *結合 ,  *農産物 ,  ゲノム情報
準シソーラス用語： プログラム ,  マッピング

分類 (2件)： システム設計・解析  (IA02030D) ,  ドキュメンテーション  (FA01020I)

引用文献 (4件)：

• Kawakatsu T, Kawahara Y, Itoh T and Takaiwa F. (2013) A whole-genome analysis of a transgenic rice seed-based edible vaccine against cedar pollen allergy. DNA Res. 20(6): 623-631.
• Sakai H, Kanamori H, Arai-Kichise Y, Shibata-Hatta M, Ebana K, Oono Y, Kurita K, Fujisawa H, Katagiri S, Mukai Y, Hamada M, Itoh T, Matsumoto T, Katayose Y, Wakasa K, Yano M and Wu J. (2014) Construction of pseudomolecule sequences of the aus rice cultivar Kasalath for comparative genomics of Asian cultivated rice. DNA Res. 21(4): 397-405.
• Endo M, Kumagai M, Motoyama R, Sasaki-Yamagata H, Mori-Hosokawa S, Hamada M, Kanamori H, Nagamura Y, Katayose Y, Itoh T and Toki S. (2015) Whole-genome analysis of herbicide-tolerant mutant rice generated by Agrobacterium-mediated gene targeting. Plant Cell Physiol. 56(1): 116-125.
• Tsukazaki H, Yaguchi S, Sato S, Hirakawa H, Katayose Y, Kanamori H, Kurita K, Itoh T, Kumagai M, Mizuno S, Hamada M, Fukuoka H, Yamashita K, McCallum J, Shigyo M and Wako T. (2015) Development of transcriptome shotgun assembly-derived markers in bunching onion (Allium fistulosum). Mol Breeding 35(1): 55.

タイトルに関連する用語 (8件)： 畜産物 ,  ゲノム ,  情報データベース ,  整備 ,  解析システム ,  シーケンサー ,  断片 ,  整列