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J-GLOBAL ID：201702234436775286   整理番号：17A0829687

データ品質の改善と等圧タグに基づく定量的プロテオミクス,およびプロテオーム規模の翻訳後修飾(PTM)研究のためのEThcDによるH CD発生レポーターイオンの保持【Powered by NICT】

Improving data quality and preserving HCD-generated reporter ions with EThcD for isobaric tag-based quantitative proteomics and proteome-wide PTM studies

著者 (6件)： Yu Qing (School of Pharmacy, University of Wisconsin, Madison, WI 53705, USA) ,  Shi Xudong (Department of Surgery, School of Medicine and Public Health, University of Wisconsin, Madison, WI 53705, USA) ,  Feng Yu (School of Pharmacy, University of Wisconsin, Madison, WI 53705, USA) ,  Kent K. Craig (Department of Surgery, School of Medicine and Public Health, University of Wisconsin, Madison, WI 53705, USA) ,  Li Lingjun (School of Pharmacy, University of Wisconsin, Madison, WI 53705, USA) ,  Li Lingjun (Department of Chemistry, University of Wisconsin, Madison, WI 53706, USA)
資料名： Analytica Chimica Acta  (Analytica Chimica Acta)
巻： 968  ページ： 40-49  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0394A  ISSN： 0003-2670  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 質量分析(MS)に基づく等圧標識は高スループット定量のためのその能力のために,近年の急速な発展を経験している。衝突誘起解離(CID),高エネルギー衝突解離(H CD)とオリジナルに設計した使用とは別に,等圧標識法は,電子移動解離(ETD),衝突誘起解離(CID)に相補性を提供し,翻訳後修飾(PTM)による逐次ペプチドにおける優先で作動した。しかし,ETDは低い電荷状態を持つペプチドに対する長い反応時間,デューティサイクルの減少とバイアスに悩まされている。添加では,ETDにおける一般的なフラグメンテーション機構は変化したレポーターイオン生成,減少した多重化能力,およびいくつかの同重体タグの定量能力の損失も,カスタム設計ジメチルロイシン(DiLeu)タグを含むをもたらした。ここでは,元のレポーターイオンチャンネルを保存し,低電荷状態に対するバイアスを低減し,感度を改善し,定量的プロテオミクスおよびプロテオームPTM研究のためのデータ品質を大幅に改善することを新しい電子transfer/higherエネルギー衝突解離(EThcD)手法を実証した。データ品質と感度の間のバランスを達成するために行った系統的最適化。DiLeuおよびTMT標識HEK細胞溶解物およびIMAC濃縮ホスホペプチドのためのETD,H CDとEThcDの直接比較を行った。十分なレポーターイオン生成を維持しながら,結果は,改良されたデータ品質とりん酸化位置決め精度を実証した。生物学的研究は,四種類の異なる条件で処理したマウス血管平滑筋細胞株におけるリン酸化変化を調べるために実施した。全体として,EThcDは従来のETDに比べて優れた性能を示し,等圧標識に基づく定量プロテオミクスおよび定量的PTM研究におけるH CDに比べて明確な利点を提供する。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： フラグメンテーション ,  *翻訳後修飾 ,  最適化 ,  衝突誘起解離 ,  リン酸化 ,  質量分析 ,  ペプチド ,  バイアス ,  標識法 ,  *プロテオーム ,  同重核
準シソーラス用語： 電子移動解離 ,  ハイスループット ,  *定量的プロテオミクス ,  *データ品質 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： EThcD ,  等圧タグ ,  DiLeu ,  TMT ,  定量的プロテオミクス ,  翻訳後修飾

分類 (4件)： 質量分析  (CC03013N) ,  生物物理的研究法  (EA03020V) ,  有機化合物の物理分析  (CC03034A) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (10件)： データ品質 ,  等圧 ,  タグ ,  定量的プロテオミクス ,  プロテオーム ,  規模 ,  翻訳後修飾 ,  研究 ,  Cd ,  イオン