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J-GLOBAL ID：201702234532109715   整理番号：17A0297073

ブドウ果実発育I,III期の差次的に発現するSWEET遺伝子ファミリーメンバーのバイオインフォマティクス解析【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatics analysis of differentially expressed SWEET genes between grape berry development stageIandIII

著者 (4件)： Wang Ziran (College of Horticulture,China Agricultural University) ,  Kuang Liuqing (College of Horticulture,China Agricultural University) ,  Chen Shangwu (College of Food Science and Nutritional Engineering,China Agricultural University) ,  Ma Huiqin (College of Horticulture,China Agricultural University)
資料名： Zhongguo Nongye Daxue Xuebao  (Zhongguo Nongye Daxue Xuebao)
巻： 21  号： 11  ページ： 24-33  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2277A  ISSN： 1007-4333  CODEN： ZNDXAA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： ブドウ果実発育におけるSWEET遺伝子ファミリーの発現と機能を探索するために、本実験室で完成したブドウのブドウ品種品種 IとIII期の果実のトランスクリプトームデータを基に、I期とIII期の発現量に顕著な差異がある9つのSWEET遺伝子ファミリーメンバーを選出した。バイオインフォマティクスツールを用いて、この9つの遺伝子の遺伝子構造、タンパク質の基本的な物理化学的性質、二次構造、亜細胞定位、保存モチーフと配列相同性などについて予測分析を行い、リアルタイム蛍光定量PCR(QPCR)技術を用いて分析結果を検証した。ゲノム局在化の結果,これらの9つのSWEET遺伝子は7つの染色体に分布し,蛋白質配列は4つのサブファミリーに分けることができた。アミノ酸の数とアミノ酸配列の間の疎水性には,いくつかの差異があった。二次構造予測の結果によると、この9つのSWEET遺伝子のアミノ酸配列はΑ-螺旋とランダムコイルを主成分とする。遺伝子構造分析により、VVSWEET4は4つのイントロンを含み、残りの8つはすべて5つのイントロンを含むことが分かった。9個のSWEET遺伝子ファミリーメンバーのタンパク質の亜細胞定位予測分析により、以下のことが明らかになった。それらは,形質膜,葉緑体チラコイド膜および液胞膜に位置している。QPCRの結果によると、I期とIII期の差次的に発現する9つのSWEET遺伝子ファミリーメンバーのうち、5つの遺伝子はアップレギュレーションし、4つの遺伝子はダウンレギュレーションし、トランスクリプトーム分析の結果と一致した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 品種 ,  細胞膜 ,  *遺伝子 ,  アップレギュレーション ,  ダウンレギュレーション ,  アミノ酸 ,  トランスクリプトーム ,  イントロン ,  ゲノム ,  *ブドウ ,  アミノ酸配列 ,  蛍光
準シソーラス用語： 遺伝子構造 ,  *遺伝子ファミリー ,  *バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： grape berry ,  SWEET gene family ,  bioinformatics analysis ,  QPCR

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： ブドウ果実 ,  発育 ,  発現 ,  遺伝子ファミリー ,  メンバー ,  バイオインフォマティクス解析