文献

J-GLOBAL ID：201702234975475634   整理番号：17A0657923

大胞子Metschnikowiaクレードの安定な系統発生【Powered by NICT】

A stable phylogeny of the large-spored Metschnikowia clade

著者 (3件)： Lachance Marc-Andre (Department of Biology, University of Western Ontario, London, Ontario, Canada, N6A 5B7) ,  Hurtado Emilia (Department of Biology, University of Western Ontario, London, Ontario, Canada, N6A 5B7) ,  Hsiang Tom (School of Environmental Sciences, University of Guelph, Guelph, Ontario, Canada, N1G 2W1)
資料名： Yeast  (Yeast)
巻： 33  号： 7  ページ： 261-275  発行年： 2016年07月 
JST資料番号： B0587A  ISSN： 0749-503X  CODEN： YESTE3  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： すべての既知の大胞子Metschnikowia種を代表する55株のドラフトゲノムは訪花昆虫に結合して見出されたこれらの酵母のロバストな系統発生を構築するために用いた。ゲノムはClavispora lusitaniaeに関連して注釈された。同定された3016種のオーソログから,1061は500bp以上の配列を生成するために十分な重なりをもつ全ての株に存在した。我々はこのようなアラインメントのための木を構築し,姉妹分類群として同種の22セットの各々(問題)を正しく解くその能力からのそれらの精度を評価した。近隣結合は最大尤度よりも良好な種メンバーシップを同定し,より大きな遺伝子配列に基づく系統樹も同様であった。しかし,正しい種帰属はより深いトポロジー,大きな連結の最尤分析により確実に同定されたを分解する能力遺伝子の予測しなかった。具体的には,長さ約100kbの独立した連結に基づく14樹木はトポロジー的に単一の大きな連結(1410065位置)に基づいた系統樹と一致し,系統発生の安定性と高度の信頼性を支持した。遺伝子間領域(112136-ポジション)の連結に基づく樹木も一致した。遺伝子の系統発生信号品質の最良の予測因子は,配列のサイズであった。ブートストラップは系統発生学的品質の良好な指標でなかったが,それらがクレードサイズによって影響を受けた。アノテートされた全遺伝子の存在-不在マトリックスから構築された木は著しく配列に基づいた系統発生と一致,遺伝子の獲得または喪失は系統発生的に重要なイベントとして,さらに探究する価値があることを示唆した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ブートストラップ ,  系統樹 ,  ゲノム ,  品質 ,  位相幾何学 ,  *胞子 ,  最尤法 ,  酵母 ,  遺伝子 ,  アラインメント ,  ロバスト性 ,  *系統発生
準シソーラス用語： 遺伝子配列 ,  分類群 ,  *クレード , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ゲノム案 ,  Metschnikowia ,  系統ゲノミクス ,  ・ブートストラップ(sieve bootstraps) ,  安定ツリー

分類 (2件)： 微生物の生化学  (EG03020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (3件)： Metschnikowia ,  クレード ,  系統発生