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J-GLOBAL ID：201702235224730803   整理番号：17A1099063

はfishingまたは捕獲CODISフラグメントの餌捕獲の効率の評価【Powered by NICT】

Are we fishing or catching? Evaluating the efficiency of bait capture of CODIS fragments

著者 (5件)： Winters Misa (Department of Anthropology, Washington State University, Pullman, WA 99164-4236, United States) ,  Winters Misa (School of Biological Sciences, Washington State University, Pullman, WA 99164-4910, United States) ,  Monroe Cara (Laboratories of Molecular Anthropology and Microbiome Research, Norman, OK 73019, United States) ,  Barta Jodi Lynn (Department of Biological and Health Sciences, Madonna University, Livonia, MI 48150, United States) ,  Kemp Brian M. (Department of Anthropology, University of Oklahoma, Norman, OK 73019, United States)
資料名： Forensic Science International: Genetics  (Forensic Science International: Genetics)
巻： 29  ページ： 61-70  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3148A  ISSN： 1872-4973  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究では,二種類の測定によってDNA餌捕獲(すなわち,「漁業」)法の効率を実証しようとした(1)標的DNA分子を保持する能力,及び(2)の両方を含むプールからの非標的DNA分子を除去する能力DNA餌捕獲は標的DNA,ストレプトアビジン被覆磁気ビーズ上に固定化し,磁石についを結合する合成ビオチン化DNAプライマー用いた。結合DNAは,非標的DNAと不純物(例えば,PCR阻害剤)から単離する必要があるとその後の下流応用のためのビーズから溶出した。効率は「コピー」の数を比較する「コピー」への定量的ポリメラーゼ連鎖反応(qPCR)を用いて推定した。,長さ109~288塩基対(bps)の範囲の標的DNA分子の保持は9.06 3.53%(すなわち,90.94 96.47%の損失)を平均最初記載されているように漁業プロトコルを用いた。修正プロトコル(すなわち,短縮ハイブリダイゼーション時間,M,270ストレプトアビジン被覆ビーズの量は2倍の使用,および修飾ビーズ洗浄)を用いて達成され,標的分子の同一セットの31.41 12.08%の平均保持をもたらしたいくつかの改良。注目標的分子とは対照的に,非標的DNA分子を除去における有効性の欠如であった。も大部分の分子の(61.35 69.49%)は漁業プロトコルの本質的なハイブリダイゼーション段階中の「失われた」,高コピー数試料のみへの適合性を示唆していることが観察された。餌捕獲法は,以前に示唆されたようにDNA試料を阻害したポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の研究に有用であるが,注意深く非標的DNA上の標的のための期待されるDNA損失の程度と方法の非選択性に対するこの可能な利点をする必要がある。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： プロトコル ,  不純物 ,  DNA【核酸】 ,  *捕獲 ,  分子ハイブリダイゼーション ,  ストレプトアビジン ,  定量的PCR法 ,  単離 ,  被覆 ,  ビオチニル化 ,  コピー数 ,  粒状材
準シソーラス用語： 標的分子 ,  磁性ビーズ ,  *餌捕獲 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： DNA捕獲 ,  qPCR ,  LCN DNA ,  分解DNA

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： 捕獲 ,  フラグメント ,  餌捕獲 ,  評価