疫学における遺伝子型バンコマイシン耐性腸球菌のための金標準の見直し:2013 2015中のスウェーデンにおける3が疑われる発生におけるPFGEとMLSTとの比較全ゲノム配列決定【Powered by NICT】

Lytsy Birgitta; Engstrand Lars; Engstrand Lars; Engstrand Lars; Gustafsson Åke; Kaden Rene

文献

J-GLOBAL ID：201702235230985189 整理番号：17A1510424

疫学における遺伝子型バンコマイシン耐性腸球菌のための金標準の見直し:2013 2015中のスウェーデンにおける3が疑われる発生におけるPFGEとMLSTとの比較全ゲノム配列決定【Powered by NICT】

Time to review the gold standard for genotyping vancomycin-resistant enterococci in epidemiology: Comparing whole-genome sequencing with PFGE and MLST in three suspected outbreaks in Sweden during 2013-2015

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資料名：
巻： 54 ページ： 74-80 発行年： 2017年
JST資料番号： A1228A ISSN： 1567-1348 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

バンコマイシン耐性腸球菌(VRE)は感染の透過率と治療に関する医療システムへの取り組みである。VRE発生は,適切な高感度遺伝子型決定法が必要であることを意味している最初の例から制御しなければならない。本研究の目的は,疫学的調査におけるパルスフィールドゲル電気泳動(PFGE)及びマルチ遺伝子座配列タイプ化(MLST)と比較して全ゲノム配列決定に基づく解析の適用性と同様に日常的な実験室使用のためのユーザに優しい方法の開発を検討した。14,000VREスクリーニング試料のうち,ウプサラ大学病院での三名の疑われた流行から得た疫学的リンクを持つ患者からの38単離したvanAあるいはvanB遺伝子のいずれかに陽性であった60単離菌の全て。分離株は遺伝子型PFGE,MLST,WGSベースのコアゲノム平均ヌクレオチド同一性分析(cgANI)により特性化した。PFGEは,信頼性,分解能,および適用性容量に関するWGSとMLSTと比較した。38分離株のPFGE分析は三大発生が生じたことが疫学的調査を確認したが,最大クラスタのための不明な絵を与えた。WGS分析により,これらの38分離株に対する六ANIクラスタを明確に区別できた。調査した方法の比較の結果,VREとした疫学的問題のためのWGS ANI分析を推奨する。コアゲノムに基づくANIを有するEnterococcus faecium VRE発生歪描写のための推奨しきい値は98.5%であった。本研究のすべての参照配列はNCBI BioProject数PRJNA301929から利用可能であった。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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微生物検査法 , 感染症・寄生虫症一般

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