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J-GLOBAL ID：201702235281596576   整理番号：17A0482243

土壌微生物相の次世代シーケンス解析に向けた凍結乾燥による核酸の保存

Preservation of nucleic acids by freeze-drying for next generation sequencing analyses of soil microbial communities

著者 (6件)： WEISSBECKER Christina (UFZ-Helmholtz Centre for Environmental Res., Halle (Saale), DEU) ,  BUSCOT Francois (UFZ-Helmholtz Centre for Environmental Res., Halle (Saale), DEU) ,  WUBET Tesfaye (UFZ-Helmholtz Centre for Environmental Res., Halle (Saale), DEU) ,  WEISSBECKER Christina (Univ. Leipzig, Leipzig, DEU) ,  BUSCOT Francois (German Centre for Integrative Biodiversity Res. (iDiv) Jena-Halle-Leipzig, Leipzig, DEU) ,  WUBET Tesfaye (German Centre for Integrative Biodiversity Res. (iDiv) Jena-Halle-Leipzig, Leipzig, DEU)
資料名： Journal of Plant Ecology  (Journal of Plant Ecology)
巻： 10  号： 1  ページ： 81-90  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： W2355A  ISSN： 1752-9921  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 土壌貯蔵および安全なサンプル輸送への凍結乾燥法の適用を評価した。パイロシーケンスを用いて,DNAとRNAによる細菌/アーバスキュラー菌根(AM)菌相の調査を2つの凍結乾燥草原土壌サンプルで行った。ドイツのチューリンゲン州由来の2つの草地土壌サンプルを凍結乾燥するか-80°Cで保存(対照)した。その後凍結乾燥サンプルを4°Cあるいは外界温度で保存し,保存1日と7日に品質を調査した。細菌およびAM菌相を分析するため全DNAとRNAをこれら土壌1gから抽出し,それぞれrRNAマーカー遺伝子16S(V4-V5可変領域)と18S(NS31-AM1フラグメント)のアンプリコン454パイロシーケンスにより分析した。凍結乾燥処理土壌を7日間貯蔵した場合に細菌相ではα多様性指数は僅かに低下したが,rDNAおよびrRNAレベルでは十分に保存されていた。一方,AM菌相は凍結乾燥,貯蔵器官および貯蔵温度に殆ど影響されなかった。土壌サンプルの短期貯蔵と長距離輸送に先立つ凍結乾燥処理は,土壌を用いる分子生物学研究に有用な手法であることを提案する。

シソーラス用語： *土壌微生物 ,  *ミクロフローラ ,  *ヌクレオチド配列 ,  *凍結乾燥 ,  土壌菌類 ,  土壌細菌 ,  草地土 ,  ドイツ連邦共和国 ,  rRNA遺伝子 ,  生物多様性
準シソーラス用語： 16S rRNA遺伝子 ,  18SrRNA遺伝子 ,  アーバスキュラー菌根菌 ,  アンプリコン ,  ピロシークエンス法 ,  *次世代シークエンシング ,  *土壌試料 ,  微生物多様性

分類 (2件)： 土壌生物  (FB04050N) ,  遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 土壌微生物 ,  次世代 ,  シーケンス解析 ,  凍結乾燥 ,  核酸 ,  保存