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J-GLOBAL ID：201702235540584285   整理番号：17A0561856

35年前に至る臨床FFPE検体のアーカイブマイクロRNAのレトロスペクティブシークエンシングの,実験室に基づくcDNAライブラリー調製プロトコールの評価と適応

Evaluation and Adaptation of a Laboratory-Based cDNA Library Preparation Protocol for Retrospective Sequencing of Archived MicroRNAs from up to 35-Year-Old Clinical FFPE Specimens

著者 (19件)： LOUDIG Olivier (Albert Einstein Coll. of Medicine, NY, USA) ,  WANG Tao (Albert Einstein Coll. of Medicine, NY, USA) ,  YE Kenny (Albert Einstein Coll. of Medicine, NY, USA) ,  LIN Juan (Albert Einstein Coll. of Medicine, NY, USA) ,  WANG Yihong (Rhode Island Hospital, RI, USA) ,  RAMNAUTH Andrew (Albert Einstein Coll. of Medicine, NY, USA) ,  LIU Christina (Albert Einstein Coll. of Medicine, NY, USA) ,  STARK Azadeh (Henry Ford Health System, MI, USA) ,  CHITALE Dhananjay (Henry Ford Health System, MI, USA) ,  GREENLEE Robert (Marshfield Clinic Res. Foundation, WI, USA) ,  MULTERER Deborah (Marshfield Clinic Res. Foundation, WI, USA) ,  HONDA Stacey (Kaiser Permanente, HI, USA) ,  DAIDA Yihe (Kaiser Permanente, HI, USA) ,  FEIGELSON Heather Spencer (Kaiser Permanente Colorado, CO, USA) ,  GLASS Andrew (Kaiser Permanente Northwest, OR, USA) ,  COUCH Fergus J. (Mayo Clinic, NY, USA) ,  ROHAN Thomas (Albert Einstein Coll. of Medicine, NY, USA) ,  ROHAN Thomas (Montefiore Medical Center, NY, USA) ,  BEN-DOV Iddo Z. (Hadassah-Hebrew Univ. Medical Center, Jerusalem, ISR)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 18  号： 3  ページ： WEB ONLY  発行年： 2017年03月 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 患者臨床データ履歴と併せて利用されるホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)検体は腫瘍分子研究の貴重資源を表す。アーカイブFFPE組織の核酸抽出物が分解していても,分子分析は可能になってきた。ここでは,アーカイブFFPE組織から回収した小RNA分析のための実験室に基づく次世代シークエンシングバーコード化cDNAライブラリー調製プロトコルを最適化した。対応新鮮及びFFPE検体を用いて,最適化法のロバスト性と再現性,さらに35年間に至り保存したアーカイブ臨床検体への適用性を評価した。次いで,その後の乳房腫瘍発生リスクと関連して選択した6施設から得たアーカイブ乳管腫瘍in situ(DCIS)検体のmiRNA発現分析により,このcDNAライブラリー調製プロトコルを評価した。その結果,同時間間隔で浸潤性乳房腫瘍を発生した女性(患者)と発生しなかった女性(対照)のDCIS病変間で発現が異なった6種のmiRNA(miR-29a,miR-221,miR-375,miR-184,miR-363,miR-455-5p)を同定した。この実験室に基づくmiRNAシークエンシング分析の詳細評価と適応は古い,アーカイブ,臨床分類検体の小RNAcDNAライブラリー調製を確実に実施できることを示した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *アンチセンスRNA ,  *遺伝子ライブラリー ,  *試料 ,  ヌクレオチド配列 ,  生体試料固定 ,  乳房腫瘍 ,  分析 ,  脂肪族アルデヒド
準シソーラス用語： *cDNAライブラリー ,  ホルマリン固定パラフィン包埋 ,  *マイクロRNA ,  レトロスペクティブ分析 ,  次世代シークエンシング ,  浸潤性乳癌 ,  乳管癌 ,  非浸潤性乳房腫瘍 ,  *保存試料

分類 (1件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J)

物質索引 (1件)： ホルマリン

タイトルに関連する用語 (10件)： 臨床 ,  検体 ,  アーカイブ ,  マイクロRNA ,  実験室 ,  cDNAライブラリー ,  調製 ,  プロトコール ,  評価 ,  適応