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J-GLOBAL ID：201702236426139267   整理番号：17A1113047

蛋白質データバンクにおける蛋白質骨格との過小評価ハロゲン結合形成

Underestimated Halogen Bonds Forming with Protein Backbone in Protein Data Bank

著者 (4件)： ZHANG Qian (East China Normal Univ., Shanghai, CHN) ,  XU Zhijian (Shanghai Inst. of Materia Medica, Chinese Acad. of Sci., Shanghai, CHN) ,  SHI Jiye (UCB Biopharma SPRL, Braine-l′Alleud, BEL) ,  ZHU Weiliang (Shanghai Inst. of Materia Medica, Chinese Acad. of Sci., Shanghai, CHN)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 7  ページ： 1529-1534  発行年： 2017年07月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 以前の研究では,蛋白質の構造的分解能が低下するにつれて,ハロゲン結合(XB)全体に対する蛋白質側鎖XBの割合が減少するという現象に基づいて,蛋白質側鎖を形成する側鎖XBが蛋白質データバンク(PDB)において過小評価されていることを指摘し,この問題に対処するために,本研究では主鎖骨格XBの信頼性とPDB構造で過小評価されているかどうかを調べることを目的とする。本研究で観測された骨格XBの発生頻度とランダムに予想される頻度との比率(R_F)を利用して,蛋白質原子の周囲溶媒に接近可能な表面領域によってのみ決定した場合,PDBでは主にXBが見過ごされることが分かった。2つのケースでは,1.80Å分解能であっても骨格XBは失われることから,X線結晶学的研究の過程での精密化プロセスにおいてXBを考慮する必要があることを明らかにした。

シソーラス用語： *データベース ,  *分子構造 ,  *化学結合 ,  側鎖 ,  評価 ,  *頻度 ,  X線構造解析 ,  ブートストラップ ,  アクセシビリティ ,  ターゲット
準シソーラス用語： *蛋白質データバンク ,  *蛋白質構造 ,  *ハロゲン結合 ,  過小評価 ,  *発生頻度 ,  X線結晶構造解析 ,  ブートストラップ法 ,  溶媒接近性 ,  創薬標的

分類 (4件)： 生物物理学一般  (EA02020O) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  薬物の研究法  (GV01020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 蛋白質データバンク ,  蛋白質 ,  骨格 ,  過小評価 ,  ハロゲン ,  結合形成