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J-GLOBAL ID：201702236730433890   整理番号：17A1672128

枚挙戦略に基づく三倍体個体単体型再構成アルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

Triploid Individual Haplotype Reconstruction Algorithm Based on Enumeration Strategy

著者 (2件)： Zhang Qian (广西師范大学計算机科学与信息工程学院 桂林541004) ,  Wu Jingli (广西師范大学計算机科学与信息工程学院 桂林541004;广西師范大学广西多源信息wa掘与安全重点実験室 桂林541004;广西区域多源信息集成与智能処理協同創新中心 桂林5410043)
資料名： Jisuanji Kexue  (Jisuanji Kexue)
巻： 44  号： 1  ページ： 75-79,112  発行年： 2017年 
JST資料番号： C2530A  ISSN： 1002-137X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 三倍体個体のハプロタイプを解くことは、三倍体種の遺伝的特性と表現型の差異などの研究において、重要な推進作用がある。遺伝子型情報を持つ最小誤り訂正(MEC/GI)モデルに対して、枚挙戦略に基づく三倍体個体単体型再構成アルゴリズムEHTRを提案した。このアルゴリズムは3つのハプロタイプにおける一塩基多型遺伝子座の値を順次再構築し、その遺伝子座の値により、この遺伝子座の3種類のハプロタイプを列挙し、次に、断片の支持度が最も高い値を選択し、この遺伝子座の再構築値とする。このアルゴリズムの全時間複雑性はO(mn+mlogm+cnl)である。CELSIMとMetaSimの2つの配列を用いて,実験データを生成し,フラグメントの被覆率,エラー率,単一断片長,ハプロタイプ長さ,およびハプロタイプ距離のようなパラメータの異なる設定の下で,EHTR,GTIHR,およびGTIHRについて研究した。W-GAとQ-PSOの再構成率と実行時間を比較した。実験結果は,アルゴリズムEHTRが,異なるパラメータ設定の下でより短い実行時間でより高い再構成率を得ることができることを示した。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 表現型 ,  一塩基多型 ,  *三倍体 ,  誤り率 ,  ハプロタイプ ,  *再構成 ,  遺伝 ,  *アルゴリズム ,  誤り訂正 ,  遺伝子型 ,  被覆率
準シソーラス用語： 実行時間 ,  複雑性 ,  *再構成アルゴリズム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Sequence analysis ,  Triploid ,  Haplotype ,  Genotype ,  Minimum error correction ,  Enumeration

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 戦略 ,  三倍体 ,  個体 ,  単体 ,  再構成アルゴリズム