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J-GLOBAL ID：201702236942677539   整理番号：17A0439961

発現解析のためのDrosophila遺伝子発現ツール(DGET)

The Drosophila Gene Expression Tool (DGET) for expression analyses

著者 (5件)： HU Yanhui (Harvard Medical School) ,  COMJEAN Aram (Harvard Medical School) ,  PERRIMON Norbert (Harvard Medical School) ,  PERRIMON Norbert (Howard Hughes Medical Inst.) ,  MOHR Stephanie E. (Harvard Medical School)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Feb  ページ： 18:98 (WEB ONLY)  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代シーケンシング技術は,特定発生段階と特定組織を含む遺伝子発現レベルを同定する能力をかなり増やした。遺伝子発現データは,研究者が遺伝子および遺伝子ネットワークの種々の機能の理解を助けるとともに,研究者が遺伝子群の研究に関して最も適切な組織を選ぶことを助けることにより,あるいは逆に与えられた発生段階あるいは与えられた組織で通常発現されるサブセットに対する遺伝子候補の長いリストを制限することにより,特異的で効率的な機能研究の設計を助けることができる。結果:modENCODEコンソーシアムおよび他の公的データセットから利用できるRNA-Seqベース発現プロファイルを保管し,そして探索を容易にするDrosophila遺伝子発現ツールであるDGET(www.flyrnai.org/tools/dget/web/)を開発した。DGETを用いることで,研究者は遺伝子発現プロファイルを調べ,発現の閾値レベルに基づいて結果をフィルターにかけ,そして異なる発生段階,組織および処理間の発現データを比較することができる。加えて,DGETにおいて研究者は,遺伝子の入力されたリスト(スクリーニングからのヒットなど)に対して,組織あるいは段階特異的濃縮を分析し,類似の発現パターンを持つ追加的遺伝子を検索できる。本リソースの質と頑強性を証明するために,複数の分析を実施した。特に,ハエとヒトの双方で,高レベルあるいは中レベルで発現している進化的保存遺伝子が,類似の組織において発現される傾向があることを明らかにした。DGETを用いて,全組織プロファイルおよび小領域/細胞型特異的データセットを比較し,一つのデータセットにおける偽陽性の可能性のあるソースを評価した。中胚葉性マスター調節因子であるTwistに似た発現プロファイルを持つ遺伝子を検索することにより,共発現研究に対するDGETの有用性も証明した。結論:まとめると,DGETはDrosophila遺伝子の短いあるいは長いリストを用いた発現データの回収および分析のための柔軟なツールを提供し,それは科学者が発生段階あるいは組織特異的in vivo研究を設計し,他のその後の研究を行うことを助けることができる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *ショウジョウバエ ,  *遺伝子発現 ,  ヌクレオチド配列 ,  発生 ,  ネットワーク ,  *遺伝学実験技術 ,  双翅類 ,  ヒト ,  遺伝現象 ,  保存 ,  DNA結合タンパク質 ,  転写因子 ,  協力
準シソーラス用語： *Drosophila ,  遺伝子発現解析 ,  次世代シーケンシング ,  遺伝子ネットワーク ,  *RNA-seq ,  *遺伝子発現プロファイル ,  遺伝子発現パターン ,  ハエ ,  遺伝的保存 ,  Twist転写因子 ,  協調発現 ,  協調

分類 (3件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  発生と分化  (EJ16020W)

タイトルに関連する用語 (4件)： 発現解析 ,  Drosophila ,  遺伝子発現 ,  ツール