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J-GLOBAL ID：201702237093945847   整理番号：17A1003792

OrthoReD:少ない計算量で迅速かつ正確なオルソロジー予測ツール

OrthoReD: a rapid and accurate orthology prediction tool with low computational requirement

著者 (5件)： BATTENBERG Kai (Univ. California) ,  LEE Ernest K. (Univ. California) ,  CHIU Joanna C. (Univ. California) ,  BERRY Alison M. (Univ. California) ,  POTTER Daniel (Univ. California)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： June  ページ： 18:310 (WEB ONLY)  発行年： 2017年06月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:オーソロガス遺伝子を同定することは系統発生学に必要な初期段階であり,機能的に同等な遺伝子の候補を複数の生物種にわたって見つけるための機能的遺伝学においても一般的な戦略である。同時に,in silicoオルソロジー予測ツールでは,コンピューティングクラスタでのみ利用可能な大規模な計算資源が必要になることがよくある。ここでは,オープンソースのオルソロジー予測ツールOrthoReDを開発した。このツールは,デスクトップコンピュータだけを必要とする公開ツールに匹敵する精度を備えている。OrthoReDの低い計算資源要求は,一度に1つの関心対象遺伝子についてのオルソロジー検索を繰り返すことにより達成され,これにより,関心のある各遺伝子についてのオルソログ検索の範囲を制限するための縮小データセットを生成する。結果:OrthoReDの出力は,種多様性が異なる範囲とゲノム数が異なる3つの門を表す3つのデータセットについて,OrthologIDおよびOrthoDBの2つの公表オルソロジー予測ツールの出力と非常に類似していた。デスクトップコンピュータ上で実行したOrthoReDによる遺伝子当たりのオルソログ予測のCPU時間の中央値は,100細菌種の全てのコード配列を含む試験した最大のデータセットであっても,15分未満であった。結論:ハイスループットシークエンシングにより,非モデル生物由来の前例のない数の遺伝子が,モデル生物におけるそれらのオルソログや機能的等価物に関する明確な情報の必要性が高まるにつれて利用可能となる。OrthoReDは,オーソロジー予測ツールとして高速で正確なだけでなく,高性能コンピューティングクラスタを必要とせずに研究者が一度に分析できる遺伝子の数に柔軟性をもたらす。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 予測技法 ,  *遺伝子 ,  ヌクレオチド配列 ,  分子進化 ,  *解析 ,  資源 ,  ソフトウェア ,  精度 ,  CPU時間 ,  *遺伝学実験技術 ,  マルチプロセッサシステム
準シソーラス用語： *オルソロジー ,  予測技術 ,  *オルソロガス遺伝子 ,  *系統発生分析 ,  生物種 ,  *in silico解析 ,  計算資源 ,  オープンソースソフトウェア ,  予測精度 ,  *ハイスループット塩基配列決定法 ,  計算機クラスタ

分類 (4件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 計算量 ,  オルソロジー ,  予測 ,  ツール