抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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ハイスループットメタゲノムsequencingdataの解析は顕著な計算課題を提起する。Mostcurrent de novo組立てツールは,de Bruijnグラフbasedmethodologyを用いた。以前の研究では,de Bruijnグラフとそれに続くpartitioningof配列読取データdecompositionof連結成分largemetagenomicデータセットのde novo組立のための効果的な記憶reducingpreprocessing段階であることを示した。本論文では,METAPREP,類似preprocessingstepの新しいエンドツーエンド並列実装を提示した。METAPREPは他のゲノムデータ解析問題をoccurin計算サブルーチン(例えば,k-mer enumerationand計数,並列ソーティング,グラフ連結性)ofseveral効率的な実装を,thator実装は最新のものとほぼ同じであることを示した。METAPREPは主に大きな共有memorymulticoreサーバ上で実行するように設計されているが,優雅にスケール並列I/O能力を持つmultiplecomputeノードとクラスタを用いることである。WithMETAPREP,十一億三千万リードtotaling223十億塩基対から成るアイオワ州トウモロコシ連作soilmetagenomicsデータセットを処理する約14分で,16NERSC Edisonスーパーコンピュータnodesofの利用によって可能にする。MEGAHIT,parallelmetagenomeアセンブラにMETAPREPの性能影響を評価した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】
