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J-GLOBAL ID：201702237885694351   整理番号：17A0984959

Zisland Explorer 均一性および不均一性特性の組み合わせによるゲノムアイランドの検出

Zisland Explorer: detect genomic islands by combining homogeneity and heterogeneity properties

著者 (6件)： WEI Wen (Chongqing Univ.) ,  GAO Feng (Tianjin Univ.) ,  DU Meng-Ze (Univ. Electronic Sci. and Technol. China) ,  HUA Hong-Li (Univ. Electronic Sci. and Technol. China) ,  WANG Ju (Tianjin Medical Univ.) ,  GUO Feng-Biao (Univ. Electronic Sci. and Technol. China)
資料名： Briefings in Bioinformatics  (Briefings in Bioinformatics)
巻： 18  号： 3  ページ： 357-366  発行年： 2017年05月 
JST資料番号： W2342A  ISSN： 1467-5463  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： セグメント累積GCプロファイルに基づいてゲノムアイランドを予測する新しいアルゴリズムZisland Explorerについて示した。Zisland Explorerは,ゲノム配列の均一性および不均一性の組み合わせた新しい方法によりデザインされ,配列の均一性は各アイランド内の組成の一貫性を反映し,不均一性はアイランドとコアゲノムの間の組成バイアスを示す。11種類の生物のデータセットにZisland Explorerを適用したところ,Zisland Explorerの真陽性率(TPR)は4種類の一般的なツールのTPRより高いことが分かった。Zisland Explorerでは種々の評価指数において良好な平衡が得られ,実験的なアイランドデータの予測においても良好な正確さが得られた。以上より,Zisland Explorerはゲノムアイランドの検出能力を向上させる新しいソルーションであることが示された。Zisland Explorerのウェブサービス,グラフィカルインターフェースおよびオープンソースコードはウェブサイトから入手可能である。

シソーラス用語： 転移性遺伝要素 ,  *予測 ,  *均一性 ,  *不均一性 ,  アルゴリズム ,  ヌクレオチド配列 ,  比率 ,  性能指数
準シソーラス用語： *Zisland Explorer ,  *ゲノムアイランド ,  *ゲノム配列 ,  データセット ,  検出能力 ,  真陽性率 ,  評価指数

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (5件)： 均一性 ,  不均一 ,  性特性 ,  組み合わせ ,  ゲノムアイランド