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J-GLOBAL ID：201702238649988720   整理番号：17A0658758

構造モチーフドメイン相互作用に基づくGCRVウイルス-宿主蛋白質相互作用の予測

Prediction of GCRV virus-host protein interactome based on structural motif-domain interactions

著者 (3件)： ZHANG Aidi (Inst. of Hydrobiology, Chinese Acad. of Sci., Wuhan, CHN) ,  HE Libo (Inst. of Hydrobiology, Chinese Acad. of Sci., Wuhan, CHN) ,  WANG Yaping (Inst. of Hydrobiology, Chinese Acad. of Sci., Wuhan, CHN)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Mar  ページ： 18:145 (WEB ONLY)  発行年： 2017年03月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:ソウギョレオウイルス(GCRV)によって引き起こされるソウギョ出血性疾患は,ソウギョの水産養殖において最も致命的な原因物質である。ウイルスと宿主の間の蛋白質-蛋白質相互作用は,GCRVが感染を引き起こし,疾患を誘発することができる1つの手段である。宿主-ウイルス相互作用の検出のための実験的アプローチは多くの固有の制限を有し,GCRVとその宿主の間の蛋白質-蛋白質相互作用に関する研究は稀である。結果:この研究では,既知のモチーフドメイン相互作用情報に基づいて,モチーフドメイン相互作用対探索戦略を用いてGCRVウイルス-宿主蛋白質相互作用を系統的に予測した。これらの蛋白質は,様々なドメインファミリーに由来し,GCRVの異なるモチーフパターンと相互作用することが予測された。JAM-A蛋白質は,GCRV Sigma1様蛋白質のモチーフと相互作用すると首尾よく予測され,オルソレオウイルスと同様の結合様式を共有した。GCRV感染プロセス中に差次的に発現した遺伝子を抽出し,予想されるインタラクトームにマッピングした。重複遺伝子は全体的に異なる組織発現分布を示し,腸内の全体の発現レベルは他の3つの組織よりも高かった。これらの遺伝子は腸内でより活性がある。機能注釈と経路濃縮分析により,宿主標的がインターフェロン-γシグナル伝達経路,VEGFシグナル伝達経路,EGF受容体シグナル伝達経路,B細胞活性化およびT細胞活性化などのシグナル伝達経路と免疫経路に主に関与していることを明らかにした。結論:予測PPIは,限定されたデータリソースと非モデル種の研究背景のために幾つかの偽陽性を含むかもしれないが,計算方法は依然としてハイスループット実験によりさらに検証することができる合理的な量の相互作用を提供する。この研究成果は,GCRV感染症のシステム生物学の発展に寄与し,その宿主におけるGCRVの新規受容体の同定を導く助けとなるであろう。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 主題 ,  相互作用 ,  *生物相互作用 ,  *分子間相互作用 ,  *血液疾患 ,  *ウイルス ,  レオウイルス ,  *レオウイルス科 ,  *動物ウイルス ,  ソウギョ ,  細胞接着分子 ,  膜貫通タンパク質 ,  ウイルス感染 ,  ウイルス感染症 ,  遺伝子 ,  遺伝子発現 ,  遺伝学実験技術 ,  インターフェロンγ ,  経路 ,  細胞情報伝達 ,  VEGF ,  EGF【成長因子】 ,  B細胞 ,  リンパ球活性化
準シソーラス用語： モチーフ ,  ドメイン間相互作用 ,  *ウイルス-宿主相互作用 ,  *蛋白質-蛋白質相互作用 ,  *出血性疾患 ,  *ソウギョレオウイルス ,  オルソレオウイルス ,  JAM-A蛋白質 ,  *インタラクトーム ,  ウイルス感染病 ,  重複遺伝子 ,  差次的発現 ,  分子配列注釈 ,  シグナル伝達経路 ,  T細胞活性化

分類 (4件)： ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y) ,  生物学的機能  (EB03040U) ,  感染症・寄生虫症一般  (GD01010H) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： モチーフ ,  ドメイン ,  相互作用 ,  ウイルス ,  宿主 ,  蛋白質相互作用 ,  予測