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J-GLOBAL ID：201702238672666300   整理番号：17A1055600

各種あいまいなグリカンのを描くGlycanBuilderの実現【Powered by NICT】

Implementation of GlycanBuilder to draw a wide variety of ambiguous glycans

著者 (9件)： Tsuchiya Shinichiro (Graduate School of Engineering, Soka University, Tokyo, Japan) ,  Aoki Nobuyuki P. (Faculty of Science and Engineering, Soka University, Tokyo, Japan) ,  Shinmachi Daisuke (Faculty of Science and Engineering, Soka University, Tokyo, Japan) ,  Matsubara Masaaki (The Noguchi Institute, Tokyo, Japan) ,  Yamada Issaku (The Noguchi Institute, Tokyo, Japan) ,  Aoki-Kinoshita Kiyoko F. (Graduate School of Engineering, Soka University, Tokyo, Japan) ,  Aoki-Kinoshita Kiyoko F. (Faculty of Science and Engineering, Soka University, Tokyo, Japan) ,  Aoki-Kinoshita Kiyoko F. (Glycoscience and Glycotechnology Research Group, AIST, Tsukuba, Japan) ,  Narimatsu Hisashi (Glycoscience and Glycotechnology Research Group, AIST, Tsukuba, Japan)
資料名： Carbohydrate Research  (Carbohydrate Research)
巻： 445  ページ： 104-116  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0929A  ISSN： 0008-6215  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： GlyTouCanバージョン1.0を国際グリカン構造貯蔵所として2015年に公開された,WURCS(炭水化物構造のWeb3ユニークな表現)と呼ばれる新しい配列フォーマットはGlyTouCanプロジェクトの初期段階で提案した。既存フォーマットは普遍的に任意のおよび全てのグリカンを表現するためにそれらの柔軟性は不十分であったためGlyTouCanはグリカン基本表現としてWURCSを使用している。,既存または新しいグリカン構造に対するWURCSストリングを得るために,WURCSを輸出できる変換ツールまたはグリカン構造エディタが必要になった。GlycanBuilder地域によるその広範な使用のため,拡張への明白な選択であった。しかし,ほ乳類のグリカンを支援するために開発したのでGlycanBuilderは限定的であった。グリカン(SNFG)のための記号命名法と呼ばれる新しく提案された単糖類シンボル標準を支持しなかった。したがって本研究では,その有用性を大きく増加するGlycanBuilderの新しいバージョンを実装した。グリカンレンダリングシステムはリファクタリングされた環状グリカン,入れ子反復単位,単糖類組成および架橋グリカン構造を表現できるようにした。WURCSの輸入と輸出会社も実行し,SNFG記号は,最新のグリカン記号命名法を用いたグラフィックスとして輸出であることグリカン可能にするために導入した。「GlycanBuilder2」と呼ばれるGlycanBuilderのこの新しい版であり,多種多様なあいまいなグリカンの,細菌及び植物からの単糖類を含む構造を支持することができた。これらグリカンも新しいSNFG記号を用いて表示することができる。このツールはより急速にグリカンの複雑,多様かつあいまい構造について通信で研究者を支援できる。さらに,新しいGlycanBuilderはキャンバス上に描かれたグリカンからWURCS配列を出力できる。最も重要なことは,GlyTouCanはグリカン情報の登録と検索のための基本フォーマットとしてWURCSを採用しているので,バラエティグリカンのGlyTouCanにおける登録・検索することができた。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 高速度 ,  エディタ ,  曖昧さ ,  帆布 ,  哺乳類 ,  *可視化 ,  命名法 ,  細菌 ,  柔軟性 ,  単糖類
準シソーラス用語： 環状 ,  リファクタリング ,  *グリカン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： グリコバイオインフォマティクス ,  グリカン配列フォーマット ,  グリカンの可視化 ,  記号表記法 ,  配列変換

分類 (2件)： 多糖類  (CF10054P) ,  グリコシド,配糖体  (CF10057O)

タイトルに関連する用語 (1件)： グリカン