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J-GLOBAL ID：201702238859832713   整理番号：17A1446364

日常河川モニタリングのためのDNA metabarcodingベース大型無脊椎動物同定の長所と短所の評価【Powered by NICT】

Assessing strengths and weaknesses of DNA metabarcoding-based macroinvertebrate identification for routine stream monitoring

著者 (6件)： Elbrecht Vasco (Aquatic Ecosystem Research, Faculty of Biology, University of Duisburg-Essen, Universitaetsstrasse 5, 45141, Essen, Germany) ,  Vamos Ecaterina Edith (Aquatic Ecosystem Research, Faculty of Biology, University of Duisburg-Essen, Universitaetsstrasse 5, 45141, Essen, Germany) ,  Meissner Kristian (Finnish Environment Institute, Freshwater Centre, Survontie 9 A, 40500, Jyvaeskylae, Finland) ,  Aroviita Jukka (Finnish Environment Institute, Freshwater Centre, PO Box 413, 90014, Oulu, Finland) ,  Leese Florian (Aquatic Ecosystem Research, Faculty of Biology, University of Duisburg-Essen, Universitaetsstrasse 5, 45141, Essen, Germany) ,  Leese Florian (Centre for Water and Environmental Research (ZWU) Essen, University of Duisburg-Essen, Universitaetsstrasse 2, 45141, Essen, Germany)
資料名： Methods in Ecology and Evolution  (Methods in Ecology and Evolution)
巻： 8  号： 10  ページ： 1265-1275  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2682A  ISSN： 2041-210X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNA metabarcodingは河川生態系における大型無脊椎動物の評価に非常に有望である。しかし,日常的な形態学的同定とDNA metabarcodingの性能を比較した大規模な研究は少ない。フィンランドの18河川サイトからの大型無脊椎動物試料の四プライマーセットを用いたmetabarcodingを行った。試料は2013年に収集し,フィンランドの河川モニタリングプログラムの一部として形態に基づいて同定した。試料の同定は,日常的国家モニタリングにおける可能であった最低タキソノミーレベルへ,標準化されたプロトコル後,形態学的に分類された。DNA metabarcodingは形態学に基づくプロトコルよりも2倍以上の分類群を同定し,またより高い分類学的分解能を得た。各試料について,形態学的方法によるよりもmetabarcodingにより分類群を検出し,全四プライマーセットは比較的良好な性能を示した。配列読取豊度と分類群当たり試料の数(バイオマスの代理)を各試料で有意に相関していた,調整R~2値は低かった。少数の例外はあるが,形態学的およびDNA metabarcodingデータセットから計算した生態学的状態評価基準は類似していた。配列決定コストの最近の減少を考えると,metabarcodingは現在約形態学に基づく同定と高価である。場で得られた試料を用いて,DNA metabarcodingは,形態学的同定に依存する現在のプロトコルに匹敵する評価結果を達成できることを示した。metabarcodingは河川バイオアセスメントにおける大型無脊椎動物を同定するための実行可能で信頼性のある方法であり,ルーチンプロトコルにおいて特定することは不可能であることを分類群の同定を提供する形態学的同定の強力な利点を提供した。生態系評価のためのDNA metabarcodingの完全な可能性を解明するために,しかし,それはこの実験室プロトコルと参照データベースと重要な問題を解決する必要がある。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 評価基準 ,  形態 ,  生態系 ,  標準化 ,  *河川 ,  データベース ,  モルフォロジー ,  プロトコル ,  *DNA【核酸】 ,  バイオマス ,  フィンランド共和国
準シソーラス用語： 分類学 ,  分類群 ,  河川生態系 ,  *大型無脊椎動物 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： バイオマスバイアス ,  生態学的状態 ,  ハイスループット配列決定 ,  大型無脊椎動物 ,  metabarcoding

分類 (2件)： 河川汚濁  (SB02020F) ,  動物に対する影響  (EE05040R)

タイトルに関連する用語 (7件)： 河川 ,  モニタリング ,  DNA ,  大型無脊椎動物 ,  同定 ,  長所 ,  評価