VacSol:サブトラクティブ逆ワクチン学を用いた原核生物病原体における可能性のある治療標的を予測するためのハイスループットin silicoパイプライン

RIZWAN Muhammad; NAZ Anam; AHMAD Jamil; NAZ Kanwal; OBAID Ayesha; PARVEEN Tamsila; AHSAN Muhammad; ALI Amjad

文献

J-GLOBAL ID：201702239145178021 整理番号：17A0439956

VacSol:サブトラクティブ逆ワクチン学を用いた原核生物病原体における可能性のある治療標的を予測するためのハイスループットin silicoパイプライン

VacSol: a high throughput in silico pipeline to predict potential therapeutic targets in prokaryotic pathogens using subtractive reverse vaccinology

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著者 (8件)： , , , , , , ,
資料名：
巻： 18 号： Feb ページ： 18:106 (WEB ONLY) 発行年： 2017年02月
JST資料番号： U7025A ISSN： 1471-2105 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

背景:逆ワクチン学アプローチの進歩に伴って,推定ワクチン候補の予測において累進的改善がみられるようになった。逆ワクチン学は,発見の方法を変え,時間と労働を減らした標的特定法を提案する手段を提供する。この点について,ハイスループットゲノムシーケンシング技術と支援生物情報学的ツールは病原体の迅速な分析をかなり容易にし,それによって様々な予期される候補が特定の感染症と疾患に対して効果的であることが分かった。迅速かつ効率的に推定上のワクチン候補を予測するための類似のアプローチに基づいて,パイプラインであるVacSolを本研究において設計する。結果:ここで導入する新規パイプラインのVacSolは,細菌性病原体のプロテオームに対する推定上のワクチン候補を特定するハイスループットin silicoワクチン候補予測プロセスを自動化するために設計され,高度拡張性,マルチモードおよび設定変更可能なソフトウェアである。ワクチン候補は,プロテオーム解析のための統合型の既知かつ頑強なアルゴリズム/ツールを用いてスクリーニングし,VacSolソフトウェアからの結果はFASTAファイル形式としてプロテオーム配列を受け取ることで5種の形式で提供される。公開データおよびベンチマークとしてのHelicobacter pylori 26695参考株を用いて,VacSolの有用性を試験し,比較した。結論:VacSolは,少数の予期される推定上のワクチン候補蛋白質を特定するために,全細菌性病原体プロテオームを迅速かつ効率的にスクリーニングする。本パイプラインは,効率的に偽陽性候補ヒットを減らすことにより,計算コストおよび時間を節約することができる。VacSol結果は,いかなる全体集合の規則にも依存せず,与えられた入力に基づいて変わる。それはhttps://sourceforge.net/projects/vacsol/から無料で利用できる。(翻訳著者抄録)

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理論生物学一般 , 免疫療法薬・血液製剤の基礎研究 , 分子・遺伝情報処理 , 微生物感染の生理と病原性

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