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J-GLOBAL ID：201702239441342292   整理番号：17A1623284

iPHLoc ES:進化的および構造的特徴を用いたバクテリオファージ蛋白質位置の同定【Powered by NICT】

iPHLoc-ES: Identification of bacteriophage protein locations using evolutionary and structural features

著者 (6件)： Shatabda Swakkhar (Department of Computer Science and Engineering, United International University, House 80, Road 8A, Dhanmondi, Dhaka-1209, Bangladesh) ,  Saha Sanjay (Department of Computer Science and Engineering, United International University, House 80, Road 8A, Dhanmondi, Dhaka-1209, Bangladesh) ,  Sharma Alok (Institute for Integrated and Intelligent Systems, Griffith University, Australia) ,  Sharma Alok (School of Engineering and Physics, University of the South Pacific, Fiji) ,  Sharma Alok (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Japan) ,  Dehzangi Abdollah (Department of Computer Science, School of Computer, Mathematical, and Natural Sciences, Morgan State University, United States)
資料名： Journal of Theoretical Biology  (Journal of Theoretical Biology)
巻： 435  ページ： 229-237  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0288B  ISSN： 0022-5193  CODEN： JTBIA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： バクテリオファージ蛋白質は細菌の機能に影響を与えることができることをウイルスでありファージベースの治療に用いることができる。宿主細菌におけるバクテリオファージの機能はこれらの宿主細胞内でのその位置に依存する。それらの作用機構を理解するために,宿主細胞におけるファージ蛋白質の細胞内位置を知ることは非常に重要である。本論文では,iPHLoc ES,バクテリオファージ蛋白質の細胞内局在の予測法を提案した。二つの問題:宿主に位置し,非宿主に位置するファージ蛋白質間の識別と宿主細胞(膜または細胞質)における宿主蛋白質の位置の間の識別を解くことを目的とする。これを行うために,著者らはファージ蛋白質の進化的および構造的特徴のセットを抽出し,著者らの分類器としてサポートベクトルマシン(SVM)を採用した。も有効な予測のための特徴の数を減らすために再帰的特徴除去(RFE)を用いた。標準評価基準を用いた標準データセット上で,提案手法は,最先端の予測よりも著しく優れている。iPHLoc ESである:http://brl.uiu.ac.bd/iPHLoc ES/からWebアプリケーションとしてのhttps://github.com/swakkhar/iPHLoc ES/andからスタンドアロンツールとして用いるのに容易に利用できる。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 予測技法 ,  ウイルス ,  *構造特性 ,  特徴選択 ,  *タンパク質 ,  細胞質 ,  細菌 ,  *バクテリオファージ ,  サポートベクトルマシン ,  評価基準
準シソーラス用語： Webアプリケーション ,  最先端 ,  細胞内局在 ,  宿主細胞 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 蛋白質 ,  位置 ,  ファージ ,  分類 ,  特徴選択

分類 (2件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (6件)： Es ,  進化 ,  構造的特徴 ,  バクテリオファージ ,  蛋白質 ,  同定