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J-GLOBAL ID：201702239445534078   整理番号：17A1130881

YavapaiネイティブアメリカンにおけるForenSeq DNA署名調製キットSTRおよびSNP遺伝子座の隣接領域の変動【Powered by NICT】

Flanking region variation of ForenSeq DNA Signature Prep Kit STR and SNP loci in Yavapai Native Americans

著者 (15件)： Wendt Frank R. (Institute for Molecular Medicine, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX, 76107, USA) ,  King Jonathan L. (Center for Human Identification, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX 76107, USA) ,  Novroski Nicole M.M. (Institute for Molecular Medicine, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX, 76107, USA) ,  Churchill Jennifer D. (Center for Human Identification, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX 76107, USA) ,  Ng Jillian (Molecular Anthropology Laboratory, Department of Anthropology, University of California, One Shields Avenue, Davis, CA 95616, USA) ,  Oldt Robert F. (Molecular Anthropology Laboratory, Department of Anthropology, University of California, One Shields Avenue, Davis, CA 95616, USA) ,  McCulloh Kelly L. (Graduate Group in Forensic Science, University of California,One Shields Avenue, Davis, CA 95616, USA) ,  Weise Jessica A. (Graduate Group in Forensic Science, University of California,One Shields Avenue, Davis, CA 95616, USA) ,  Smith David Glenn (Molecular Anthropology Laboratory, Department of Anthropology, University of California, One Shields Avenue, Davis, CA 95616, USA) ,  Smith David Glenn (Graduate Group in Forensic Science, University of California,One Shields Avenue, Davis, CA 95616, USA) ,  Kanthaswamy Sreetharan (Molecular Anthropology Laboratory, Department of Anthropology, University of California, One Shields Avenue, Davis, CA 95616, USA) ,  Kanthaswamy Sreetharan (Graduate Group in Forensic Science, University of California,One Shields Avenue, Davis, CA 95616, USA) ,  Budowle Bruce (Institute for Molecular Medicine, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX, 76107, USA) ,  Budowle Bruce (Center for Human Identification, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX 76107, USA) ,  Budowle Bruce (Center of Excellence in Genomic Medicine Research (CEGMR), King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia)
資料名： Forensic Science International: Genetics  (Forensic Science International: Genetics)
巻： 28  ページ： 146-154  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3148A  ISSN： 1872-4973  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 超並列シークエンシング(MPS)はヒト同定試験のための短鎖縦列反復配列(STR)遺伝子座の現在のキャピラリー電気泳動分析よりも優れている。特にSTR反復モチーフ配列情報が得られ,それによりいくつかの遺伝子座の識別力を増加することができた。反復領域内の配列変動は一般的に使用されるSTRsのいくつかの比較的頻繁に観察されるが,反復モチーフに隣接するフランキング領域で見られる変動の付加的な程度である。反復モチーフと隣接領域配列変異は主要な集団に対して述べたが,しかし,より孤立した個体群のされていない。STRにおける隣接領域配列変異とYavapai集団における一塩基多型(SNP)遺伝子座はForenSeq DNA署名調製キットとSTRait Razor v2sを用いて解析した。,それぞれ七および14常染色体STRとアイデンティティ情報量の多い一塩基多型(iiSNPs)はある程度隣接領域変化を持っていた。これら同一性情報遺伝子座の三と四は,それぞれ,期待ヘテロ接合性の5%以上の増加を示した。27の常染色体STRのための結合長さと配列に基づくランダム一致確率(RMP)は6.11×10~ 26と2.79×10~ 29であった。94iiSNPs(サブセットはmicrohaplotypesなった)と組み合わせると複合RMPは5.49×10~ 63であった。構造における長さと配列に基づく常染色体STRの分析は,ヤバパイはヒスパニック系集団に最も類似していることを示した。X線及びY-STR識別の可能性の最小の増加を生成するが,隣接領域データへのアクセスが,一つの新しいX-STRの同定と以前の報告と比較して三のY-STR対立遺伝子を可能にした。五祖先の有益なSNPs(aiSNPs)と二表現型の有益なSNPs(piSNPs)は顕著な隣接領域変化を示した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 情報量 ,  ヒト ,  個体群 ,  *DNA【核酸】 ,  表現型 ,  一塩基多型 ,  超並列処理 ,  キャピラリー電気泳動 ,  常染色体 ,  部分集合 ,  対立遺伝子
準シソーラス用語： ヘテロ接合性 ,  配列突然変異 ,  短鎖縦列反復配列 ,  配列解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 配列変化 ,  STR ,  SNP ,  隣接領域 ,  ForenSeq DNA署名調製キット ,  超並列配列決定 ,  STRaitかみそりv2s

分類 (5件)： 集団遺伝学  (EC01040J) ,  電気泳動分析  (CC04017K) ,  遺伝的変異  (EC01030Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (7件)： DNA ,  署名 ,  調製 ,  STR ,  SNP ,  遺伝子座 ,  隣接領域