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J-GLOBAL ID：201702239601700001   整理番号：17A0991771

chainCleanerは,ゲノムアライメントの特異性と感度を改善する

chainCleaner improves genome alignment specificity and sensitivity

著者 (8件)： SUAREZ Hernando G. (Max Planck Inst. Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden, DEU) ,  SUAREZ Hernando G. (Max Planck Inst. Physics of Complex Systems, Dresden, DEU) ,  LANGER Bjoern E. (Max Planck Inst. Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden, DEU) ,  LANGER Bjoern E. (Max Planck Inst. Physics of Complex Systems, Dresden, DEU) ,  LADDE Pradnya (Max Planck Inst. Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden, DEU) ,  LADDE Pradnya (Max Planck Inst. Physics of Complex Systems, Dresden, DEU) ,  HILLER Michael (Max Planck Inst. Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden, DEU) ,  HILLER Michael (Max Planck Inst. Physics of Complex Systems, Dresden, DEU)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 11  ページ： 1596-1603  発行年： 2017年06月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 正確で感度の高いゲノムアライメントは,ゲノム再編成のため,挑戦的な問題となっている。本稿に於いて,ゲノムアライメントの特異性を改善する高速アプローチchainCleanerについて紹介する。chainCleanerは,多数のオルソロガス遺伝子のアライメントを改善し,偽遺伝子へのアライメントによりマスクされていたオルソロガス遺伝子のエキソン間のアライメントを明らかにし,最小スコア閾値未満となっていたであろう数百kbの局所的アライメントを拾う。chainCleanerは,https://bds.mpi-cbg.de/hillerlab/chainCleaner/またはhttps://github.com/ucscGenomeBrowser/kentより入手可能である。

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  遺伝子 ,  *偽遺伝子 ,  性質 ,  *感度
準シソーラス用語： *ゲノムアライメント ,  *オルソロガス遺伝子 ,  *特異性

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： ゲノム ,  アライメント ,  特異性 ,  感度