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J-GLOBAL ID：201702240501470661   整理番号：17A1452529

速度論的ネットワークモデルを用いたp53-MDM2結合の微視的および巨視的メカニズムの橋渡し【Powered by NICT】

Bridging Microscopic and Macroscopic Mechanisms of p53-MDM2 Binding with Kinetic Network Models

著者 (4件)： Zhou Guangfeng (Department of Chemistry, Temple University, Philadelphia, Pennsylvania) ,  Pantelopulos George A. (Department of Chemistry, Temple University, Philadelphia, Pennsylvania) ,  Mukherjee Sudipto (Department of Chemistry, Temple University, Philadelphia, Pennsylvania) ,  Voelz Vincent A. (Department of Chemistry, Temple University, Philadelphia, Pennsylvania)
資料名： Biophysical Journal  (Biophysical Journal)
巻： 113  号： 4  ページ： 785-793  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0298A  ISSN： 0006-3495  CODEN： BIOJAU  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 正常細胞条件の下で,腫瘍抑制蛋白質p53はMDM2,p53の本質的に無秩序なトランス活性化ドメイン(TAD)に対するMDM2の結合により開始したプロセスによるユビキチン化のために低レベルに保持した。多くの実験的およびシミュレーション研究をp53TADのような無秩序ドメインは密接に関連した立体配座に折畳まれる前に非特異的にこれらの標的に結合することを示唆しているが,微視的詳細は不明である。結合機構,経路および速度の詳細な予測に向けて,著者らはp53-MDM2結合の大規模不偏全原子シミュレーションを行った。軌道データから構築したMarkov状態モデル(MSM)は実験と良く一致しp53TAD結合経路と速度を予測した。MSMは二つの重要な結合した中間体,各MDM2結合溝における疎水性残基の非天然配列を持つ,総合速度を制御することを明らかにした。MSMからの微視的速度情報を用いて,1)誘導適合経路は広範囲の濃度で結合フラックスを支配していることを決定し,2)残留p53ヘリシティの変調は結合をどのように影響するかを予測し,実験と良く一致する簡単な四状態動力学モデルをパラメータ化した。これらの結果は,単純な少数状態結合流束モデルと結合したペプチド結合の微視的モデルは,生理学的状況における生物学的機能を理解するために使用できる新しい方法を示唆した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *p53タンパク質 ,  ユビキチン化 ,  パラメタリゼーション ,  *モデル ,  シミュレーション ,  *速度論 ,  ペプチド結合 ,  中間体 ,  ヘリシティ ,  立体配座 ,  疎水性
準シソーラス用語： 動力学モデル ,  原子論的シミュレーション ,  *MDM2蛋白質 ,  *ネットワークモデル , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

タイトルに関連する用語 (5件)： 速度論 ,  ネットワークモデル ,  p53 ,  MDM2 ,  メカニズム