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J-GLOBAL ID：201702240525516764   整理番号：17A1161576

プールしてあったサンプルの全ゲノム配列決定からの低地および高地テオシントにおける局所的適応の特徴【Powered by NICT】

Signatures of local adaptation in lowland and highland teosintes from whole-genome sequencing of pooled samples

著者 (8件)： Fustier M.-A. (Genetique Quantitative et Evolution - Le Moulon, INRA, Univ. Paris-Sud, CNRS, AgroParisTech, Universite Paris-Saclay, Ferme du Moulon, F-91190, Gif-sur-Yvette, France) ,  Brandenburg J.-T. (Genetique Quantitative et Evolution - Le Moulon, INRA, Univ. Paris-Sud, CNRS, AgroParisTech, Universite Paris-Saclay, Ferme du Moulon, F-91190, Gif-sur-Yvette, France) ,  Boitard S. (GenPhySe, Universite de Toulouse, INRA, INPT, INP-ENVT, 24 chemin de Borde-Rouge - Auzeville Tolosane, F-31326, Castanet Tolosan, France) ,  Lapeyronnie J. (GenPhySe, Universite de Toulouse, INRA, INPT, INP-ENVT, 24 chemin de Borde-Rouge - Auzeville Tolosane, F-31326, Castanet Tolosan, France) ,  Eguiarte L. E. (Departamento de Ecologia Evolutiva, Instituto de Ecologia, Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Apartado Postal 70-275, Coyoacan, 04510, Mexico D.F., Mexico) ,  Vigouroux Y. (Institut de Recherche pour le developpement (IRD), UMR Diversite, Adaptation et Developpement des plantes (DIADE), Universite de Montpellier, 911 avenue Agropolis, F-34394, Montpellier Cedex 5, France) ,  Manicacci D. (Genetique Quantitative et Evolution - Le Moulon, INRA, Univ. Paris-Sud, CNRS, AgroParisTech, Universite Paris-Saclay, Ferme du Moulon, F-91190, Gif-sur-Yvette, France) ,  Tenaillon M. I. (Genetique Quantitative et Evolution - Le Moulon, INRA, Univ. Paris-Sud, CNRS, AgroParisTech, Universite Paris-Saclay, Ferme du Moulon, F-91190, Gif-sur-Yvette, France)
資料名： Molecular Ecology  (Molecular Ecology)
巻： 26  号： 10  ページ： 2738-2756  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2684A  ISSN： 0962-1083  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 空間分布の変化する選択は地域個体群の差次的適応を誘発する。ここでは,二種類の最も近いトウモロコシ近縁野生種におけるゲノムワイドスケールでの局所的適応の決定因子,テオシントZea mays ssp.parviglumisおよびssp.mexicanaを探索した。六集団由来の120個体を配列決定:二標高勾配に沿って試料採取した二低地,二中間および二高地個体群。は8479581の一塩基多型(SNP)平均配列決定深さサイト当たり集団から17.0×32.2×の範囲と六個体群における被覆を検出した。集団多様性は0.10から0.15まで変化し,連鎖不均衡は非常に急速に減衰した。二分化ベ-スの方法,と環境変数との対立遺伝子頻度の相関を組み合わせた異常値SNPを検出した。異常値SNPは有意なクラスタ化を示した。クラスタから,47の候補領域を同定した。ハプロタイプ呼び出しにおける遺伝子型不確実性を組み込むためのハプロタイプに基づく方法の改良を行い,候補領域に適用した。候補領域の53%におけるハプロタイプレベルでの選択のための証拠を検索し,70%の症例で同じハプロタイプは二低地または二高地個体群を選択した。は第1染色体上の以前に特性化された反転内に位置する候補領域を回復した。葉macrohair変異に関与する遺伝子座でのソフト掃引の証拠を見出した。最後に,著者らの結果は,根の形態,アルミニウムおよび低リン耐性のような植物-土壌相互作用と関連した形質の変異に関与する著者らの候補領域と遺伝子座の間の頻繁な共局在を明らかにした。土壌は,テオシントにおける局所適応の主要な要因であると思われる。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 遺伝子型 ,  クラスタ化 ,  一塩基多型 ,  不確実性 ,  クラスタ ,  空間分布 ,  遺伝子頻度 ,  *低地 ,  ハプロタイプ ,  キャラクタリゼーション ,  異常値 ,  個体群 ,  *高地 ,  相互作用
準シソーラス用語： *テオシント , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 環境変数 ,  FSTスキャン ,  ハプロタイプ ,  連鎖不平衡 ,  選択的スイープ ,  土壌 ,  亜種分化

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： サンプル ,  ゲノム配列 ,  低地 ,  高地 ,  テオシント ,  適応