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J-GLOBAL ID：201702242727773549   整理番号：17A0991686

T-BAS 系統発生に基づく配置,アライメントダウンロードそしてメタデータ可視化のためのツリー型アライメント選択ツールキット チャワンタケ亜門生命の樹による実例

T-BAS: Tree-Based Alignment Selector toolkit for phylogenetic-based placement, alignment downloads and metadata visualization: an example with the Pezizomycotina free of life

著者 (9件)： CARBONE Ignazio (North Carolina State Univ., NC, USA) ,  WHITE James B. (North Carolina State Univ., NC, USA) ,  MIADLIKOWSKA Jolanta (Duke Univ., NC, USA) ,  ARNOLD A. Elizabeth (Univ. Arizona, AZ, USA) ,  MILLER Mark A. (Univ. California, CA, USA) ,  KAUFF Frank (Univ. Giessen, Giessen, DEU) ,  U’REN Jana M. (Univ. Arizona, AZ, USA) ,  MAY Georgiana (Univ. Minnesota, MN, USA) ,  LUTZONI Francois (Duke Univ., NC, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 8  ページ： 1160-1168  発行年： 2017年04月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多様なDNA配列の進化的配置と可視化,そして特定のクレードの精選された単一および多重遺伝子座アライメントのダウンロードを可能にするツリー型アライメント選択(T-BAS)ツールキットを開発した。T-BAS v1.0は6つの遺伝子座の配列アライメントに基づき,チャワンタケ亜門の13全ての綱に相当する979の分類群の系統発生を利用する。T-BAS v1.0はhttp://tbas.hpc.ncsu.eduにて利用可能である。

シソーラス用語： 真菌類 ,  *メタデータ ,  *アラインメント ,  *可視化 ,  応用プログラム
準シソーラス用語： *チャワンタケ亜門 ,  *系統樹解析 ,  *ツールキット

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： 系統発生 ,  メタデータ ,  可視化 ,  アライメント ,  ツールキット ,  生命 ,  樹