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J-GLOBAL ID：201702242833915284   整理番号：17A1193884

Brassica rapa Genome 2.0:配列の再構築と遺伝子の再注釈

Brassica rapa Genome 2.0: A Reference Upgrade through Sequence Re-assembly and Gene Re-annotation

著者 (8件)： CAI Chengcheng (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN) ,  WANG Xiaobo (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN) ,  LIU Bo (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN) ,  WU Jian (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN) ,  LIANG Jianli (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN) ,  CUI Yinan (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN) ,  CHENG Feng (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN) ,  WANG Xiaowu (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN)
資料名： Molecular Plant  (Molecular Plant)
巻： 10  号： 4  ページ： 649-651  発行年： 2017年04月03日 
JST資料番号： W2375A  ISSN： 1674-2052  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Brassica rapaのゲノムアセンブリ(version 1.5)のサイズは約284Mbで推定ゲノムサイズの約59%にとどまっている。そこで本研究では,B.rapaのゲノムを新規にアセンブリし,Illuminaの配列データとPacBioの配列データを使用し,向上させた。新しいアセンブリ(version 2.0)のサイズは約390Mbとなり約80%のゲノムをカバーすることができた。さらに,遺伝子地図を作成し,ab initioモデリング,相同遺伝子検出,転写フラグメントマッピングを用いて,遺伝子モデルを予測した。その結果,version1.5より遙かに多い蛋白質をコードする遺伝子が予測され,注釈付きの遺伝子の数も増加した。

シソーラス用語： 遺伝子 ,  *ゲノム ,  遺伝子地図 ,  転移性遺伝要素 ,  遺伝学実験技術 ,  基質 ,  データ解析
準シソーラス用語： *Brassica rapa ,  ゲノムアセンブリ ,  スキャフォールド【基質】 ,  遺伝子アノテーション ,  相同遺伝子

分類 (2件)： 植物の生化学  (EH01050J) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： Brassica ,  再構築 ,  遺伝子 ,  注釈