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J-GLOBAL ID：201702243636738802   整理番号：17A0991719

二次構造予測によるタンパク質多重シーケンスアラインメントベンチマーキング

Protein multiple sequence alignment benchmarking through secondary structure prediction

著者 (3件)： LE Quan (Univ. Coll. Dublin, Dublin, IRL) ,  SIEVERS Fabian (Univ. Coll. Dublin, Dublin, IRL) ,  HIGGINS Desmond G. (Univ. Coll. Dublin, Dublin, IRL)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 9  ページ： 1331-1337  発行年： 2017年05月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 二次構造予測精度(SSPA)の使用に基づいたタンパク質の多重シーケンスアラインメント(MSA)の完全に自動化した高度にスケーラブルな検証システム,QuanTestについて説明した。MSAが既知の構造のシーケンスを含む場合,より正確な二次構造予測を与えるという仮定に基づいており,SSPAを使用することでアラインメント全体の品質を測定できる。任意のサイズのアラインメントにスケーリングが可能なため,実際に200個または1000個のシーケンスのアラインメントでその使用を実証した。これにより,遅いが正確なプログラムだけでなく,高速だが精度の低いプログラムでの検証が可能になった。そのスコアは,既存のベンチマークスコアと高い相関があった。さらなる検証のため,広範囲のMSAのアラインメントオプションを比較し,MSAに様々なミスアラインメントを組み込むことによって,スコアに対する影響を調べた。

シソーラス用語： 予測 ,  遺伝学実験技術 ,  *アラインメント ,  *タンパク質 ,  一次構造 ,  *二次構造 ,  ヌクレオチド配列 ,  分子構造 ,  スケーラビリティ【計算機】 ,  自動試験 ,  精度 ,  解析 ,  ヘリックス構造 ,  ランダムコイル構造
準シソーラス用語： DNA配列 ,  αヘリックス ,  βストランド ,  *二次構造予測 ,  *ベンチマーキング ,  拡張性 ,  系統解析 ,  自動テスト ,  相同配列 ,  *多重配列アラインメント ,  蛋白質二次構造 ,  蛋白質構造 ,  予測精度

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 二次構造予測 ,  タンパク質 ,  多重シーケンスアラインメント ,  ベンチマーキング