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J-GLOBAL ID：201702243681225307   整理番号：17A1508448

PHYLIPプログラムの修飾:冗長クラスター問題のための解,および固有のデータから推定した樹木の自動ブートストラッピングの実現【Powered by NICT】

A modification of the PHYLIP program: A solution for the redundant cluster problem, and an implementation of an automatic bootstrapping on trees inferred from original data

著者 (2件)： Shimada Makoto K. (Institute for Comprehensive Medical Science, Fujita Health University, 1-98 Dengakugakubo, Kutsukake-cho, Toyoake, Aichi 470-1192, Japan) ,  Nishida Tsunetoshi (Institute for Comprehensive Medical Science, Fujita Health University, 1-98 Dengakugakubo, Kutsukake-cho, Toyoake, Aichi 470-1192, Japan)
資料名： Molecular Phylogenetics and Evolution  (Molecular Phylogenetics and Evolution)
巻： 109  ページ： 409-414  発行年： 2017年 
JST資料番号： W1678A  ISSN： 1055-7903  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子系統発生ツールのFelsensteinのPHYLIPパッケージは1980年以来世界的に使用されてきた。プログラムは,それらの文字ユーザインタフェイス,スーパーコンピュータか,または大量の並列計算クラスタに基づく大規模データ研究に利用するためのスクリプトの利点のため,再び注目を集めている。しかし,時々著者らが見出され,PHYLIP Consenseプログラム出力テキストファイルをその結果表に同じクラスターの二またはそれ以上の分割ブートストラップ値を示し,このようなことが生じた場合の出力ニューウィック木ファイルはコンセンサス系統樹の正確な推定を妨げることをクラスタに最後の値のみを誤った。ブートストラッピング計算におけるこの異常な挙動の原因を確認した。Consenseプログラムソースコードの書き換えはその結果表におけるブートストラップ値,冗長性の無い,適切な,対応するブートストラップ値とニューウィック木ファイルを出力する。さらに,元のデータから推定したトポロジーと分岐長さに沿って有効なブートストラップ値を含むニューウィック木を生成し,ブートストラップ値を有する本来の推定されたトポロジーと分枝長を含む系統樹の自動推論を実現,複数の非配列連鎖からそれぞれ,add_bootstrap。plとfasta2tre_bs。bsh,アドオンプログラムとシェルスクリプトを開発した。これらのプログラムは,ダウンロードすることができる:https://github.com/ShimadaMK/PHYLIP_enhance/。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 冗長性 ,  ユーザインタフェイス ,  *クラスタ ,  位相幾何学 ,  スーパコンピュータ ,  *ブートストラップ ,  並列演算 ,  系統樹 ,  分子系統発生
準シソーラス用語： テキストファイル ,  スクリプト ,  大規模データ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： PHYLIP ,  ブートストラップ解析 ,  最初に推定された木 ,  ハッシュ表 ,  浮動小数点数

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  動物分類学  (EJ01030T)

タイトルに関連する用語 (9件)： 修飾 ,  冗長 ,  クラスター ,  問題 ,  解 ,  固有 ,  推定 ,  樹木 ,  ブートストラッピング