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J-GLOBAL ID：201702244848024001   整理番号：17A1421972

ゲノム歩行とハイスループットアンプリコン配列決定により明らかにされたアカガエル科(無尾目)に発現するMHCクラスIIβ遺伝子座の進化的動力学【Powered by NICT】

Evolutionary dynamics of an expressed MHC class IIβ locus in the Ranidae (Anura) uncovered by genome walking and high-throughput amplicon sequencing

著者 (9件)： Mulder Kevin P. (Center for Conservation Genomics, Smithsonian Conservation Biology Institute, National Zoological Park, 3001 Connecticut Avenue NW, Washington, DC 20008, USA) ,  Mulder Kevin P. (CIBIO/InBIO, Research Centre in Biodiversity and Genetic Resources, Rua Padre Armando Quintas 7, Campus Agrario de Vairao, 4485-661 Vairao, Portugal) ,  Cortazar-Chinarro Maria (Department of Ecology and Genetics, Uppsala University, Norbyvaegen 18D, SE-75236, Uppsala, Sweden) ,  Harris D. James (CIBIO/InBIO, Research Centre in Biodiversity and Genetic Resources, Rua Padre Armando Quintas 7, Campus Agrario de Vairao, 4485-661 Vairao, Portugal) ,  Crottini Angelica (CIBIO/InBIO, Research Centre in Biodiversity and Genetic Resources, Rua Padre Armando Quintas 7, Campus Agrario de Vairao, 4485-661 Vairao, Portugal) ,  Campbell Grant Evan H. (United States Geological Survey, Patuxent Wildlife Research Center, SO Conte Anadromous Fish Research Lab, 1 Migratory Way, Turner Falls, MA 01376, USA) ,  Fleischer Robert C. (Center for Conservation Genomics, Smithsonian Conservation Biology Institute, National Zoological Park, 3001 Connecticut Avenue NW, Washington, DC 20008, USA) ,  Savage Anna E. (Center for Conservation Genomics, Smithsonian Conservation Biology Institute, National Zoological Park, 3001 Connecticut Avenue NW, Washington, DC 20008, USA) ,  Savage Anna E. (Department of Biology, University of Central Florida, 4110 Libra Drive, Orlando, FL 32816, USA)
資料名： Developmental and Comparative Immunology  (Developmental and Comparative Immunology)
巻： 76  ページ： 177-188  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0151A  ISSN： 0145-305X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 主要組織適合遺伝子複合体(MHC)は,適応遺伝的変異と病害抵抗性の研究に重要であり,頻繁に使用されるマーカーであることをゲノム領域をコードする免疫遺伝子座である。世界的な両生類の減少に寄与する感染症の主要な役割が与えられたとき,アカガエル科のカエル17種のMHCクラスIIβ鎖の超可変エキソン2とフランキングイントロンを特性化し,広範な病原体感染と減少に直面する種および汎存種であるファミリー。エキソンのペプチド結合領域(PBR)に集中し遺伝的変異の高レベルを見出した。十コドンは正の選択,そのうちの九は哺乳類定義PBRに位置している中である。第十コドン(残基21)は病害抵抗性に重要であることを両生類特異的PBR部位であることを仮定した。種間とsanguisの相互の属で多型はエキソンベース家系から明らかであり,イントロン,エキソンとミトコンドリアに基づく再構成の間の共系統発生学解析は不一致トポロジーを明らかにし,異なる遺伝子座履歴によると考えられた。454及びイルミナ基づく配列決定法を用いてすべての種における単一と機能的遺伝子座を増幅することを二セットバーコードアダプタを開発した。これらのプライマーは,多重化と単一配列決定における試料の百個の直接配列決定のための資源を提供し,クローニングに関連した労働とキメラ配列を避け,そしてMHC集団遺伝学的分析を可能にした。プライマーは試験した17種に限定されているが,これらの配列とプロトコルは有用な遺伝資源を提供し,範囲無尾類分類群の将来の疾患,適応と保存研究のための出発点として役立つことができる。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *アカガエル科 ,  キャラクタリゼーション ,  *MHCクラスII抗原 ,  コドン ,  耐病性 ,  イントロン ,  病原体 ,  組織適合性遺伝子 ,  哺乳類 ,  両生類 ,  キメラ ,  ミトコンドリア ,  感染 ,  感染症
準シソーラス用語： 遺伝的変異 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： MHCクラスIIβ ,  アカガエル科 ,  アンプリコンのプライマー ,  Illumina ,  454 ,  Lithobates ,  Rana ,  Pelophylax ,  Odorrana

分類 (3件)： 動物生態学一般  (EE03010W) ,  進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (8件)： ゲノム ,  歩行 ,  アカガエル科 ,  発現 ,  MHCクラスII ,  遺伝子座 ,  進化 ,  動力学