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J-GLOBAL ID：201702245278704202   整理番号：17A1971013

操縦された分子動力学シミュレーションを用いたノイラミニダーゼ阻害剤の絶対親和性の評価【Powered by NICT】

Evaluation of the absolute affinity of neuraminidase inhibitor using steered molecular dynamics simulations

著者 (6件)： Tam Nguyen Minh (Computational Chemistry Research Group, Ton Duc Thang University, Ho Chi Minh City, Vietnam) ,  Tam Nguyen Minh (Faculty of Applied Sciences, Ton Duc Thang University, Ho Chi Minh City, Vietnam) ,  Nguyen Minh Tho (Institute for Computational Science and Technology (ICST), Quang Trung Software City, Ho Chi Minh City, Vietnam) ,  Nguyen Minh Tho (Department of Chemistry, KU Leuven Celestijnenlaan 200F, B-3001 Leuven, Belgium) ,  Ngo Son Tung (Computational Chemistry Research Group, Ton Duc Thang University, Ho Chi Minh City, Vietnam) ,  Ngo Son Tung (Faculty of Applied Sciences, Ton Duc Thang University, Ho Chi Minh City, Vietnam)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 77  ページ： 137-142  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ノイラミニダーゼとその阻害剤間の結合(ΔG)の絶対自由エネルギー差はsteered分子動力学(SMD)シミュレーション上の配位子(FPL)法の高速引張りを用いて評価した。距離は線形相互作用近似により計算した。結合性質は静電およびvan der Waals(vdW)相互作用の自由エネルギー差によって記述された。発見はvdW計量である結合過程における静電気学で支配的であることを示した。計算値は相関係数R=0.82とσΔG_=2.2kcal/molの誤差で実験データと良く一致した。結果はCHARMM27とGROMOS9643a1力場と比較してAmber99SB ILDN力場を用いて観察した。得られた結果は,インフルエンザ治療のための探索を刺激する可能性がある。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 力の場 ,  *計算機シミュレーション ,  インフルエンザ ,  近似法 ,  相互作用 ,  線形性 ,  *親和性 ,  *分子動力学 ,  *ノイラミニダーゼ ,  相関係数 ,  自由エネルギー ,  治療法
準シソーラス用語： 静電気学 ,  *阻害剤 ,  *ノイラミニダーゼ阻害剤 ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 配位子の高速引上げ ,  ノイラミニダーゼ ,  NEMD ,  絶対親和性 ,  相互作用エネルギー ,  引抜き工事

分類 (2件)： 分子化合物  (CE02000C) ,  分子の電子構造  (BH05010Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： 操縦 ,  分子動力学シミュレーション ,  ノイラミニダーゼ阻害剤 ,  親和性 ,  評価