文献

J-GLOBAL ID：201702245315514864   整理番号：17A1003786

ReTrOS:遺伝子および蛋白質発現データから転写活性を再構築するためのMATLABツールボックス

ReTrOS: a MATLAB toolbox for reconstructing transcriptional activity from gene and protein expression data

著者 (6件)： MINAS Giorgos (Univ. Warwick) ,  MOMIJI Hiroshi (Univ. Warwick) ,  JENKINS Dafyd J. (Univ. Warwick) ,  COSTA Maria J. (Univ. Warwick) ,  RAND David A. (Univ. Warwick) ,  FINKENSTAEDT Baerbel (Univ. Warwick)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： June  ページ： 18:316 (WEB ONLY)  発行年： 2017年06月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:ハイスループット実験技術が開発されたことにより,時間分解能の良い全ゲノム転写プロファイリング時系列データの数が増加している。ReTrOSツールボックス(Reconstructing Transcription Open Software)は,所与のmRNA発現時系列または蛋白質レポーター時系列からの遺伝子の一時的転写活性プロファイルを再構成するための,2つの関連する方法,すなわちReTrOS-SmoothとReTrOS-SwitchのMATLABベースの実施を提供する。この方法は,転写,翻訳および分解のプロセスを組み込んだ微分方程式モデルを適合させることに基づいている。結果:本ツールボックスは,モデルフィッティングのためのフレームワークと,グラフィカルインターフェースとモデルの視覚化によるモデルの統計分析を提供する。本研究では,シロイヌナズナArabidopsis thalianaの核内概日時計におけるmRNA発現データと蛋白質レポーターデータから推測される転写活性の時間的カスケードの再構築を含むツールボックスのいくつかの応用や,どのようにそのような再構成転写プロファイルを用いて,種々の細胞株および条件の効果を研究することができるかを強調する。結論:ReTrOSツールボックスは,最小限の動態パラメータ,特に分解速度に関する事前情報の適切な処方により,ユーザーが転写活性の変化のタイミングを推定することができる遺伝子や蛋白質発現時系列の分析を可能にする。モデルと実装の柔軟性と一般的性質のために,任意の生物体からのデータとさまざまな技術から得られたデータを入力として使用できる。このソフトウェアからの出力は,時系列データの有用な分析を提供し,さらなるモデリングアプローチまたは仮説生成に組み込むことができる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *転写【遺伝】 ,  *データ ,  *タンパク質合成 ,  *分子遺伝現象 ,  *再構成 ,  計測 ,  時間分解能 ,  遺伝学実験技術 ,  解析 ,  遺伝子発現 ,  翻訳【遺伝】 ,  近似法 ,  GUI【計算機】 ,  Arabidopsis thaliana ,  体内時計
準シソーラス用語： *転写活性 ,  *遺伝子発現データ ,  *蛋白質発現 ,  *再構築 ,  ハイスループット法 ,  全ゲノム解析 ,  *転写プロファイリング ,  *時系列データ ,  mRNA発現 ,  転写プロファイル ,  モデルフィッティング ,  グラフィックユーザインターフェイス ,  概日時計

分類 (4件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  植物生理学一般  (EH02010Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 遺伝子 ,  蛋白質発現 ,  転写活性 ,  再構築 ,  MATLAB ,  ツールボックス