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J-GLOBAL ID：201702246956624488   整理番号：17A0976312

実験データがまばらなときの力の場の開発:無機及びアルキルオキソアニオンのAMBER/GAFF適合パラメータ【Powered by NICT】

Developing force fields when experimental data is sparse: AMBER/GAFF-compatible parameters for inorganic and alkyl oxoanions

著者 (2件)： Kashefolgheta Sadra (Department of Theory & Bio-systems, Max Planck Institute for Colloids and Interfaces, Science Park, Potsdam 14476, Germany. [e-mail]) ,  Vila Verde Ana
資料名： Physical Chemistry Chemical Physics  (Physical Chemistry Chemical Physics)
巻： 19  号： 31  ページ： 20593-20607  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0271C  ISSN： 1463-9076  CODEN： PPCPFQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 酢酸の古典的,全原子モデルのためのLennard-Jonesパラメータ,硫酸塩,スルホン酸とリン酸塩イオンの種々のアルキル化および非アルキル化型,水と生理的に関連したナトリウム,アンモニウムおよびメチルアンモニウムカチオンとの相互作用を再現するために最適化を提示した。パラメータは内部的に一貫した,一般化Amber力場(GAFF),蛋白質のためのAMBER力の場,伴うTIP3P水モデルとJoungとCheathamのナトリウムモデルと完全に一致する。パラメータは実験情報が欠けている場合に使用されているab initio気相計算と実験情報-水和自由エネルギーおよび溶液活性誘導体0.5M濃度でに主に開発された。溶液における分子間相互作用への気相結合エネルギーを結ぶ明確にためにここで提示したab initioパラメタリゼーションスキームは他の手法と異なっていた。元GAFF/AMBERパラメータはしばしば陰イオン-陽イオン相互作用を過大評価し,カルボン酸イオンの溶液中の接触イオン対の過剰な数,および二価イオンの溶液中の凝集をもたらすことを実証した。GAFF/AMBERパラメータは,蛋白質における塩橋およびナトリウムと酸性蛋白質群間の接触イオン対の過剰な数をもたらし,ここに提出した最適化パラメータを用いることにより解決した問題。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： *プログラムパッケージ ,  *力の場 ,  カルボニル化合物 ,  アニオン ,  Lennard-Jonesポテンシャル ,  リン酸塩 ,  硫酸塩 ,  スルホン酸 ,  カチオン ,  第一原理 ,  *分子間相互作用 ,  結合エネルギー ,  タンパク質 ,  カルボン酸塩
準シソーラス用語： ab initio計算 ,  *AMBER ,  オキソ化合物

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 実験データ ,  力の場 ,  開発 ,  AMBER ,  パラメータ