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J-GLOBAL ID：201702246975875145   整理番号：17A0521739

メチル化:メチル化ハプロタイプブロックの同定は,不均一な組織試料のデコンボリューションや血漿DNAからの腫瘍組織起源のマッピングに役立つ

Identification of methylation haplotype blocks aids in deconvolution of heterogeneous tissue samples and tumor tissue-of-origin mapping from plasma DNA

著者 (7件)： GUO Shicheng (Univ. California at San Diego, California, USA) ,  DIEP Dinh (Univ. California at San Diego, California, USA) ,  PLONGTHONGKUM Nongluk (Univ. California at San Diego, California, USA) ,  FUNG Ho-Lim (Univ. California at San Diego, California, USA) ,  ZHANG Kun (Univ. California at San Diego, California, USA) ,  ZHANG Kang (Univ. California at San Diego, California, USA) ,  ZHANG Kang (Veterans Administration Healthcare System, California, USA)
資料名： Nature Genetics  (Nature Genetics)
巻： 49  号： 4  ページ： 635-642  発行年： 2017年04月 
JST資料番号： W0430A  ISSN： 1061-4036  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 哺乳類ゲノムのCpGに隣接する部位は,メチルトランスフェラーゼあるいはデメチラーゼの作用によってCpGと共にメチル化されることがあるが,これと一致しないメチル化パターンも観察されており,これらは,確率論的過程あるいは調節されていない分子過程に関係している。我々は,系統的な探索に注目し,ヒトゲノムの全域で高度に協調したメチル化が見られる領域を調べた。全ゲノムバイサルファイト塩基配列決定法による61のデータセットの解析と,RRBS(reduced-representation bisulfite sequencing)法による101のデータセットおよびメチル化アレイについての637のデータセットでの検証を行った後,CpG部位と密接に関連する147,888のメチル化ハプロタイプブロックを明らかにした。メチル化ハプロタイプ量と呼ぶ指標を用いて,ブロックのレベルで組織特異的メチル化解析を行った。さらに,不均一な試料のデコンボリューションにより,情報性のあるブロックのサブセットを同定した。最後に,メチル化ハプロタイプを用いて,肺がんあるいは大腸がんの59人の患者の循環血中の無細胞DNAにおいて,腫瘍量の定量的な推定と組織起源のマッピングを行ったことを示す。Copyright Nature Japan KK 2017

シソーラス用語： ヒト ,  *ゲノム ,  *メチル化 ,  *ハプロタイプ ,  生体組織 ,  血漿 ,  DNA【核酸】 ,  試料 ,  クラスタ化 ,  *ヌクレオチド配列 ,  同定 ,  データ ,  集合 ,  図化 ,  遺伝学実験技術 ,  解析 ,  デコンボリューション
準シソーラス用語： 腫瘍組織 ,  血漿DNA ,  *CpG ,  データセット ,  全ゲノム解析

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

タイトルに関連する用語 (9件)： メチル化 ,  ハプロタイプ ,  同定 ,  組織試料 ,  デコンボリューション ,  血漿DNA ,  腫瘍組織 ,  起源 ,  マッピング