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J-GLOBAL ID：201702247425690786   整理番号：17A0891432

原子論的力場を用いる塩安定性ササゲクロロティックモットルウイルスカプシド集合の初期段階の予測

Predicting the Initial Steps of Salt-Stable Cowpea Chlorotic Mottle Virus Capsid Assembly with Atomistic Force Fields

著者 (4件)： ANTAL Zoltan (Provitam Foundation, Cluj-Napoca, ROM) ,  SZOVERFI Janos (Provitam Foundation, Cluj-Napoca, ROM) ,  SZOVERFI Janos (Univ. Politehnica of Bucharest, Bucharest, ROM) ,  FEJER Szilard N. (Provitam Foundation, Cluj-Napoca, ROM)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 4  ページ： 910-917  発行年： 2017年04月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 塩安定性ササゲクロロティックモットルウイルス(CCMV)のカプシド集合を,様々な計算的手法によって予測した。Rosetta力場を用いたドッキング解析から,CCMVのカプシド集合において,カプシド蛋白質のI型界面における結合様式の方が,II型界面におけるそれよりも柔軟であり,結果としてI型界面を介した二量体化が起きることが分かった。また,ZDOCK,AmberおよびRosettaを組み合わせた解析によって,カプシド蛋白質単量体の最も好ましい結合様式を予測することができ,カプシド集合がI型の二量体化を第一段階とした階層的自己集合によって進行することが分かった。CCMVのカプシド集合においてI型の二量体形成が最も重要であり,I型の二量体形成を第一段階としてカプシド集合が進行すると結論付けた。

シソーラス用語： 力の場 ,  カプシド ,  ウイルス ,  *ウイルスタンパク質 ,  *ドッキング ,  *計算機シミュレーション ,  界面 ,  アルゴリズム ,  高速Fourier変換 ,  プログラムパッケージ ,  二量化 ,  結合エネルギー ,  エネルギー計算 ,  *分子間相互作用 ,  *親和性
準シソーラス用語： 力場 ,  ウイルスカプシド ,  ササゲクロロティックモットルウイルス ,  *カプシド蛋白質 ,  *蛋白質ドッキング ,  *ドッキングシミュレーション ,  計算アルゴリズム ,  ZDOCK ,  高速Fourier交換 ,  AMBER ,  二量体化 ,  *蛋白質-蛋白質相互作用 ,  *結合親和性

分類 (4件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (6件)： 力場 ,  塩 ,  安定性 ,  集合 ,  初期段階 ,  予測