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J-GLOBAL ID：201702247756795798   整理番号：17A0835762

ImpulseDE インパルスモデルを用いた時系列データにおける差次的に発現された遺伝子の検出

ImpulseDE: detection of differentially expressed genes in time series data using impulse models

著者 (3件)： SANDER Jil (Univ. Bonn, Bonn, DEU) ,  SCHULTZE Joachim L. (Univ. Bonn, Bonn, DEU) ,  YOSEF Nir (Univ. California Berkeley, CA, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 5  ページ： 757-759  発行年： 2017年03月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 環境擾乱は細胞内の遺伝子発現変化に導き,その変動は単一インパルス様進行パターンを特徴とする。ImpulseDEは,ハイスループット時系列データセットにおけるこれらのパターンの捕捉に適したRパッケージである。各遺伝子へインパルスモデルを適合させることにより,実験からの時系列からの時点通じて差次的に発現された遺伝子を示した。ImpulseDEの応用により,マイクロアレイおよびRNA-Seqデータにおける根底にある遺伝子発現を表すその力を示した。

シソーラス用語： 運動量 ,  *モデル ,  データ ,  時系列 ,  *遺伝子発現 ,  *遺伝子 ,  *プログラミング言語 ,  *プログラムパッケージ ,  擾乱 ,  スループット ,  集合 ,  実験 ,  バイオチップ ,  遺伝学実験技術 ,  ヌクレオチド配列
準シソーラス用語： *インパルス ,  *時系列データ ,  *差次的発現 ,  *Rパッケージ ,  ハイスループット ,  データセット ,  マイクロアレイ ,  RNA-seq

分類 (4件)： オペレーションズリサーチ一般  (KA03010Q) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  応用プログラミング言語  (JD03052Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： インパルス ,  モデル ,  時系列データ ,  発現 ,  遺伝子