文献

J-GLOBAL ID：201702247901761280   整理番号：17A1711789

ChromBiSim:簡単なアプローチを用いた対話型クロマチンバイクラスタリング(biclustering)【Powered by NICT】

ChromBiSim: Interactive chromatin biclustering using a simple approach

著者 (5件)： Noureen Nighat (Department of Biosciences, COMSATS Institute of Information Technology, Islamabad, Pakistan) ,  Zohaib Hafiz Muhammad (Department of Biosciences, COMSATS Institute of Information Technology, Islamabad, Pakistan) ,  Qadir Muhammad Abdul (Department of Bioinformatics and Biosciences, Capital University of Science and Technology, Islamabad, Pakistan) ,  Qadir Muhammad Abdul (Department of Computer Science, Capital University of Science and Technology, Islamabad, Pakistan) ,  Fazal Sahar (Department of Bioinformatics and Biosciences, Capital University of Science and Technology, Islamabad, Pakistan)
資料名： Genomics  (Genomics)
巻： 109  号： 5-6  ページ： 353-361  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0422A  ISSN： 0888-7543  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： エピゲノム場所をスケッチしヒストン修飾の組合せパターン。ゲノムにおけるこれらの修飾の特異的位置はそのような信号の存在で特徴づけられる。様々な方法が地球規模,実際の隠れた組合せ論である局所パターンを見落としているに対するそのようなパターンを明らかにした。ChromBiSim,エピゲノムプロファイルから修飾の採掘サブセットのための対話型ツールを提示した。ChromBiSimはそれらのゲノム位置を有するバイクラスタを抽出した。に基づく最初のユーザインタフェースとそのゲノム位置に沿ったヒストン修飾の組合せのサブセットの相互作用を復号化するための複数の細胞型処理ツールである。後解析のための使用可能なファイルを省に従ってチャートとヒートマップの形で結果を示した。ChromBiSimは全803組合せパターンで生成された複数の細胞型でテストした。疾患対正常細胞型,種の間の変化を強調するために使用することができた。ChromBiSim C鋭くニシキヘビ言語における(http://sourceforge.net/projects/chrombisim)で利用可能である。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 採掘 ,  組合せ論 ,  ユーザインタフェイス ,  復号化 ,  部分集合 ,  相互作用 ,  *ゲノム ,  言語
準シソーラス用語： 細胞型 ,  ヒストン修飾 ,  スケッチ ,  エピゲノム ,  *対話型 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ヒストンコード仮説 ,  バイクラスタ ,  局所パターン ,  ゲノムワイドヒストンマーク ,  二値化法

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (1件)： 対話型