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J-GLOBAL ID：201702248362993792   整理番号：17A1370304

まれな変異が多数の組織にわたって遺伝子発現に及ぼす影響

The impact of rare variation on gene expression across tissues

著者 (120件)： LI Xin (Stanford Univ., California, USA) ,  TSANG Emily K. (Stanford Univ., California, USA) ,  DAVIS Joe R. (Stanford Univ., California, USA) ,  ZAPPALA Zachary (Stanford Univ., California, USA) ,  MERKER Jason D. (Stanford Univ., California, USA) ,  MONTGOMERY Stephen B. (Stanford Univ., California, USA) ,  KIM Yungil (Johns Hopkins Univ., Maryland, USA) ,  DAMANI Farhan N. (Johns Hopkins Univ., Maryland, USA) ,  BATTLE Alexis (Johns Hopkins Univ., Maryland, USA) ,  HESS Gaelen T. (Stanford Univ., California, USA) ,  LI Amy (Stanford Univ., California, USA) ,  BASSIK Michael C. (Stanford Univ., California, USA) ,  CHIANG Colby (Washington Univ. School of Medicine, Missouri, USA) ,  SCOTT Alexandra J. (Washington Univ. School of Medicine, Missouri, USA) ,  HALL Ira M. (Washington Univ. School of Medicine, Missouri, USA) ,  STROBER Benjamin J. (Johns Hopkins Univ., Maryland, USA) ,  GANNA Andrea (Massachusetts General Hospital, Massachusetts, USA) ,  GANNA Andrea (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  AGUET Francois (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  ARDLIE Kristin G. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  CUMMINGS Beryl B. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  GELFAND Ellen T. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  GETZ Gad (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  HADLEY Kane (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  HANDSAKER Robert E. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  HUANG Katherine H. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  KASHIN Seva (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  KARCZEWSKI Konrad J. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  LEK Monkol (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  LI Xiao (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  MACARTHUR Daniel G. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  NEDZEL Jared L. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  NGUYEN Duyen T. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  NOBLE Michael S. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  SEGRE Ayellet V. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  TROWBRIDGE Casandra A. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  TUKIAINEN Taru (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  CLAUSSNITZER Melina (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  HOU Lei (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  KELLIS Manolis (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  LIU Yaping (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  MOLINIE Benoit (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  PARK Yongjin (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  RINALDI Nicola J. (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  WANG Li (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  VAN WITTENBERGHE Nicholas (Broad Inst., MIT and Harvard, Massachusetts, USA) ,  CUMMINGS Beryl B. (Massachusetts General Hospital, Massachusetts, USA) ,  KARCZEWSKI Konrad J. (Massachusetts General Hospital, Massachusetts, USA) ,  LEK Monkol (Massachusetts General Hospital, Massachusetts, USA) ,  MACARTHUR Daniel G. (Massachusetts General Hospital, Massachusetts, USA) ,  TUKIAINEN Taru (Massachusetts General Hospital, Massachusetts, USA) ,  GETZ Gad (Massachusetts General Hospital, Massachusetts, USA) ,  HANDSAKER Robert E. (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  KASHIN Seva (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  ABELL Nathan S. (Stanford Univ., California, USA) ,  FRESARD Laure (Stanford Univ., California, USA) ,  GLOUDEMANS Michael J. (Stanford Univ., California, USA) ,  LIU Boxiang (Stanford Univ., California, USA) ,  CHAN Joanne (Stanford Univ., California, USA) ,  JIAN Ruiqi (Stanford Univ., California, USA) ,  JIANG Lihua (Stanford Univ., California, USA) ,  LI Jin Billy (Stanford Univ., California, USA) ,  LI Qin (Stanford Univ., California, USA) ,  LI Xiao (Stanford Univ., California, USA) ,  LIN Jessica (Stanford Univ., California, USA) ,  LIN Shin (Stanford Univ., California, USA) ,  LINDER Sandra (Stanford Univ., California, USA) ,  SMITH Kevin S. (Stanford Univ., California, USA) ,  SNYDER Michael P. (Stanford Univ., California, USA) ,  TANG Hua (Stanford Univ., California, USA) ,  WANG Meng (Stanford Univ., California, USA) ,  ZHANG Rui (Stanford Univ., California, USA) ,  BALLIU Brunilda (Stanford Univ., California, USA) ,  BARSHIR Ruth (Ben-Gurion Univ. the Negev, Beer-Sheva, ISR) ,  BASHA Omer (Ben-Gurion Univ. the Negev, Beer-Sheva, ISR) ,  YEGER-LOTEM Esti (Ben-Gurion Univ. the Negev, Beer-Sheva, ISR) ,  PARSANA Princy (Johns Hopkins Univ., Maryland, USA) ,  SAHA Ashis (Johns Hopkins Univ., Maryland, USA) ,  BOGU Gireesh K. (Barcelona Inst. for Sci. and Technol., Barcelona, ESP) ,  GARRIDO-MARTIN Diego (Barcelona Inst. for Sci. and Technol., Barcelona, ESP) ,  GUIGO Roderic (Barcelona Inst. for Sci. and Technol., Barcelona, ESP) ,  MONLONG Jean (Barcelona Inst. for Sci. and Technol., Barcelona, ESP) ,  MUNOZ-AGUIRRE Manuel (Barcelona Inst. for Sci. and Technol., Barcelona, ESP) ,  PAPASAIKAS Panagiotis (Barcelona Inst. for Sci. and Technol., Barcelona, ESP) ,  REVERTER Ferran (Barcelona Inst. for Sci. and Technol., Barcelona, ESP) ,  SODAEI Reza (Barcelona Inst. for Sci. and Technol., Barcelona, ESP) ,  BOGU Gireesh K. (Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, ESP) ,  GARRIDO-MARTIN Diego (Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, ESP) ,  GUIGO Roderic (Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, ESP) ,  MONLONG Jean (Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, ESP) ,  MUNOZ-AGUIRRE Manuel (Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, ESP) ,  PAPASAIKAS Panagiotis (Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, ESP) ,  REVERTER Ferran (Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, ESP) ,  SODAEI Reza (Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, ESP) ,  BROWN Andrew (Univ. Geneva Medical School, Geneva, CHE) ,  DELANEAU Olivier (Univ. Geneva Medical School, Geneva, CHE) ,  DERMITZAKIS Emmanouil T. (Univ. Geneva Medical School, Geneva, CHE) ,  HOWALD Cedric (Univ. Geneva Medical School, Geneva, CHE) ,  ONGEN Halit (Univ. Geneva Medical School, Geneva, CHE) ,  PANOUSIS Nikolaos (Univ. Geneva Medical School, Geneva, CHE) ,  BROWN Andrew (Univ. Geneva, Geneva, CHE) ,  DELANEAU Olivier (Univ. Geneva, Geneva, CHE) ,  DERMITZAKIS Emmanouil T. (Univ. Geneva, Geneva, CHE) ,  HOWALD Cedric (Univ. Geneva, Geneva, CHE) ,  ONGEN Halit (Univ. Geneva, Geneva, CHE) ,  PANOUSIS Nikolaos (Univ. Geneva, Geneva, CHE) ,  BROWN Andrew (Swiss Inst. of Bioinformatics, Geneva, CHE) ,  DELANEAU Olivier (Swiss Inst. of Bioinformatics, Geneva, CHE) ,  DERMITZAKIS Emmanouil T. (Swiss Inst. of Bioinformatics, Geneva, CHE) ,  HOWALD Cedric (Swiss Inst. of Bioinformatics, Geneva, CHE) ,  ONGEN Halit (Swiss Inst. of Bioinformatics, Geneva, CHE) ,  PANOUSIS Nikolaos (Swiss Inst. of Bioinformatics, Geneva, CHE) ,  BROWN Christopher D. (Univ. Pennsylvania, Pennsylvania, USA) ,  PARK YoSon (Univ. Pennsylvania, Pennsylvania, USA) ,  CASTEL Stephane E. (New York Genome Center, New York, USA) ,  KIM-HELLMUTH Sarah (New York Genome Center, New York, USA) ,  LAPPALAINEN Tuuli (New York Genome Center, New York, USA) ,  MOHAMMADI Pejman (New York Genome Center, New York, USA) ,  CASTEL Stephane E. (Columbia Univ. Medical Center, New York, USA) ,  KIM-HELLMUTH Sarah (Columbia Univ. Medical Center, New York, USA)
資料名： Nature (London)  (Nature (London))
巻： 550  号： 7675  ページ： 239-243  発行年： 2017年10月12日 
JST資料番号： D0193B  ISSN： 0028-0836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒトではまれな遺伝的バリアントが豊富に存在し,各個体の疾病リスクに関与すると予想されている。遺伝的関連研究は疾患感受性に関連する一般的な遺伝的バリアントの特定には優れているものの,このような研究はまれなバリアントの特定には実用的ではない。無害なまれなバリアントと病原性バリアントを識別する取り組みでは,遺伝暗号を利用して有害なタンパク質コード対立遺伝子が特定されているが,非コードバリアントについては類似の遺伝暗号は存在しない。従って,どういったまれなバリアントが表現型に影響を持つのかを確認することは非常に困難である。単一組織を用いた研究では,まれな非コードバリアントは極端な遺伝子発現と関連付けられてきたが,多数の組織にわたってそのような影響があるかどうかは分かっていない。今回我々は,GTEx(Genotype-Tissue Expression)プロジェクトのv6pリリースの全ゲノムと多数の組織のRNA塩基配列解読のデータを組み合わせて解析することにより,44のヒト組織で特定の1遺伝子の発現が極端なレベルを示す個体,つまり遺伝子発現で外れ値を示す個体を突き止めた。低発現の外れ値の58%および高発現の外れ値の28%は,その遺伝子の近くに保存されたまれなバリアントがあるが,それに対して,外れ値ではない遺伝子では近くに保存されたまれなバリアントを持つのは8%であることが分かった。さらに我々はRIVER(RNA-informed variant effect on regulation)を開発した。これはベイズ統計モデルの1つで,発現データを組み込むことで,ゲノム注釈付けのみを用いるモデルよりも高い精度でまれなバリアントの調節における影響を予測できる。以上より,我々はまれなバリアントが多数の組織にわたって大きな遺伝子発現変化に関与していることを実証し,個々のゲノムのまれなバリアントを解釈するための統合的方法を提供する。Copyright Nature Japan KK 2017

シソーラス用語： *突然変異体 ,  ヒト ,  *組織 ,  表現型 ,  対立遺伝子 ,  *遺伝子発現 ,  リスク ,  感受性 ,  アノテーション ,  統計力学 ,  モデル
準シソーラス用語： Bayes統計 ,  RIVER【モデル】 ,  ゲノム注釈付け ,  *ヒト組織 ,  *遺伝的バリアント ,  疾患感受性 ,  疾病リスク

分類 (2件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (3件)： 変異 ,  組織 ,  遺伝子発現