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J-GLOBAL ID：201702249012346642   整理番号：17A0439957

エピゲノムワイド相関研究において細胞型不均一性を補正するためのリファレンスベースのアルゴリズムの比較

A comparison of reference-based algorithms for correcting cell-type heterogeneity in Epigenome-Wide Association Studies

著者 (6件)： TESCHENDORFF Andrew E. (Shanghai Inst. for Biological Sci., Chinese Acad. of Sci., Shanghai, CHN) ,  TESCHENDORFF Andrew E. (Univ. Coll. London, London, GBR) ,  BREEZE Charles E. (Univ. Coll. London, London, GBR) ,  ZHENG Shijie C. (Shanghai Inst. for Biological Sci., Chinese Acad. of Sci., Shanghai, CHN) ,  ZHENG Shijie C. (Univ. Chinese Acad. of Sci., Beijing, CHN) ,  BECK Stephan (Univ. Coll. London, London, GBR)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Feb  ページ： 18:105 (WEB ONLY)  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:サンプル内細胞不均一性は,大規模なエピゲノムワイド相関研究(EWAS)におけるバイオマーカーの同定に対して,様々な課題を提出する。多数のリファレンスベースのデコンボリューションアルゴリズムが現れたが,それらの潜在性は未だに研究されておらず,血液のような組織を超えるこれらアルゴリズムの比較評価はいまだ欠けている。結果:本研究では,改善リファレンスDNAメチル化データベースを構築するために,NIHエピゲノミクスロードマップから細胞型特異的DNアーゼ高感受性部位(DHS)情報を活用する,リファレンスベース推定のための新規枠組みを開発した。これが,全血中と上皮細胞型を含む混合物中の細胞数評価の僅かではあるが統計的に有意な改善を導くことを明らかにした。この枠組みを用いることで,CIBERSORTと頑強な部分相関に基づく方法を含む二つの非制約付きアプローチと,広く用いられている最新リファレンスベースアルゴリズム(制約付き射影と呼ばれる)を比較した。広く用いられている制約付き射影技術が,常に最適であるわけではないと結論した。その代わり,頑強な部分相関に基づく方法が,種々の組織型の範囲をまたがって,現実的ノイズレベルに関して一般的により頑強であることを発見した。推定のためにDHSデータおよび頑強な部分相関を用いる複合アルゴリズムを,EpiDISH(サンプル内不均一性のエピジェネティック精査)と命名した。最後に,喫煙のEWASにおけるEpiDISHの付加価値を実証した。結論:EWASにおける細胞型分率の評価とその後の推定は,制約無しリファレンスベースの細胞型デコンボリューション法の使用から利益を得る。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 遺伝学実験技術 ,  解析 ,  *ゲノムワイド関連解析 ,  不均一性 ,  アルゴリズム ,  バイオマーカー ,  デコンボリューション ,  *メチル化 ,  *データベース設計 ,  *遺伝学 ,  血液 ,  上皮細胞 ,  相関
準シソーラス用語： エピゲノム解析 ,  *ゲノムワイド相関解析 ,  *細胞型 ,  *DNAメチル化 ,  *データベース構築 ,  *エピゲノミクス ,  全血 ,  部分相関

分類 (4件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： エピゲノム ,  相関 ,  研究 ,  細胞型 ,  不均一性 ,  リファレンス ,  アルゴリズム